MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR

SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复。

SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复。


简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元,比如5个碱基(ACGTA),连续进行重复多次的重复。根据重复单元的长短,可将其细分为如下几类。

  • < 6 bp 微卫星DNA
  • 10-60 bp 小卫星DNA
  • 100-300 bp 卫星DNA
  • 等。。。

今天介绍一款可用于鉴定基因组SSR的在线网站,MISA(Misa-web - IPK Gatersleben (ipk-gatersleben.de)) 对叶绿体基因组进行SSR的鉴定,因为叶绿体基因组序列较短,所以在线即可快速完成。具体操作如下。

1 输入数据

attachments-2023-02-88yEQ2El63e06d88f162d.png


2 结果展示

本次我选用misa格式文件,其格式如下所示

ID      SSR nr. SSR type        SSR     size    start   end
Sd      1       p1      (A)11   11      1549    1559
Sd      2       p5      (ATTTA)3        15      4323    4337
Sd      3       p1      (A)10   10      6020    6029

每一列

  • 基因组ID
  • SSR编号
  • SSR类型,p1,就是重复单元长度为1
  • SSR 大小
  • 起始
  • 终止



参考:https://www.jianshu.com/p/09b03b39c344


  • 发表于 2023-02-06 11:04
  • 阅读 ( 1007 )
  • 分类:软件工具

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星莓
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