Seqkit,一款好用的蛋白质翻译软件

使用Seqkit进行核苷酸到蛋白质序列的转换

今天给大家分享一款很好用的蛋白质翻译软件——Seqkit,使用该软件的translate指令我们就可以轻松的将核苷酸序列翻译成蛋白质:

seqkit translate cds.fasta

除此之外,Seqkit其实主要作为一款常见的序列处理软件被大家熟知:

比如,subseq提取:

seqkit subseq --bed x.bed  x.fasta #根据bed文件提取序列
seqkit subseq -r 1:12 x.fasta #提取每条序列的前12个核苷酸

fastq到fasta的格式转换:

seqkit fq2fa x.fq.gz -o x.fa.gz

以及建索引:

seqkit faidx x.fa

查看fq文件:

seqkit seq x.fq.gz

序列位点突变

seqkit mutate -p -1:x --quiet x.fasta #突变每条序列的最后一个位点为x

除此之外,Seqkit还有许多其他实用的Fasta/Fastq文件处理功能,期待大家进一步挖掘和分享。

  • 发表于 2023-09-20 15:12
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  • 分类:软件工具

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