Seqkit,一款好用的蛋白质翻译软件

使用Seqkit进行核苷酸到蛋白质序列的转换

今天给大家分享一款很好用的蛋白质翻译软件——Seqkit,使用该软件的translate指令我们就可以轻松的将核苷酸序列翻译成蛋白质:

seqkit translate cds.fasta

除此之外,Seqkit其实主要作为一款常见的序列处理软件被大家熟知:

比如,subseq提取:

seqkit subseq --bed x.bed  x.fasta #根据bed文件提取序列
seqkit subseq -r 1:12 x.fasta #提取每条序列的前12个核苷酸

fastq到fasta的格式转换:

seqkit fq2fa x.fq.gz -o x.fa.gz

以及建索引:

seqkit faidx x.fa

查看fq文件:

seqkit seq x.fq.gz

序列位点突变

seqkit mutate -p -1:x --quiet x.fasta #突变每条序列的最后一个位点为x

除此之外,Seqkit还有许多其他实用的Fasta/Fastq文件处理功能,期待大家进一步挖掘和分享。

  • 发表于 2023-09-20 15:12
  • 阅读 ( 3798 )
  • 分类:软件工具

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
每天学习一点点
每天学习一点点

45 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 694 文章
  2. 安生水 341 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. xun 77 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章