SSR批量设计引物

我用misa跑了一个cap3处理过的序列quercus(里面有418contigs),不是应该出现产生结果文件序列名quercus.fasta.misa(以表格的形式列出微卫星的类型和位点)和quercus.fasta.statistics(统计微卫星的类型和频数),而是出现一堆txt格式的,contig1,contig1等等和quercus.fasta.statistics,没有quercus.fasta.misa。打开一看这些是SSR位点,我attachments-2019-09-PI4DIvAg5d773b589e4a2.png该怎么批量设计呢?为什么我的跟课程上出现的不一样呢?

请先 登录 后评论

3 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

misa不能批量设计引物,他是用来查找序列上的SSR,要用primer3软件才可以批量设计引物;

你出现这么多gff文件,不知道是什么原因,你要你的数据分析过程截图一下,我这才好分析原因;


perl高级编程里面有批量设计引物,你可以学习一下:perl入门到精通perl语言高级

请先 登录 后评论
2011

已经报名学习了perl语言高级,用了misa查找了ssr位点,也确实出现了位点信息,不过有100多个这个样的gff格式的位点信息,所以接下来不知道该怎么处理attachments-2019-09-GrBhK6E75d785a6f9e923.pngattachments-2019-09-lFVVRQX65d785b7dd1ace.pngattachments-2019-09-PZBw34il5d785b8716bb3.pngattachments-2019-09-70H8VlDf5d785b90ad347.png

请先 登录 后评论
omicsclass
请先 登录 后评论