利用qiime2对微生物扩增子测序数据文库根据barcode信息拆分数据

Demultiplexing and Trimming Adapters from Reads with q2-cutadapt

首先准备sample-metadata.tsv文件,样本的barcode 文件信息,这里以双端测序为例:

sample-id       forward-barcodes        reverse-barcodes
Lin027  GATCTGCA        CTACGATG
Lin028  GATCTGCA        GACATAGC
Lin029  GATCTGCA        GATCTGCA
Lin032  GATCTGCA        GCGTATGA
Lin033  GATCTGCA        GTATGCGA

准备测序数据,没有拆分的双端数据放到一个目录:muxed-pe-barcode-in-seq,分别命名为:forward.fastq.gz   reverse.fastq.gzattachments-2020-12-4DQzXAv25fe2b3d87daa9.png
数据导入:
qiime tools import   --type MultiplexedPairedEndBarcodeInSequence   \
    --input-path muxed-pe-barcode-in-seq   \
    --output-path multiplexed-seqs.qza

利用qiime cutadapt 插件拆分数据:

qiime cutadapt demux-paired --i-seqs multiplexed-seqs.qza \
    --m-forward-barcodes-file sample-metadata.tsv \ --m-forward-barcodes-column forward-barcodes \
    --m-reverse-barcodes-file sample-metadata.tsv \ --m-reverse-barcodes-column reverse-barcodes \
    --o-per-sample-sequences per_sample_sequences.qza \ --o-untrimmed-sequences untrimmed_sequences.qza

per_sample_sequences.qza  这个文件是拆分好的数据,并且已经去掉了barcode序列。

如果想去除引物可以使用:
    qiime cutadapt trim-paired \
        --i-demultiplexed-sequences per_sample_sequences.qza \
        --p-cores 4 \
        --p-no-indels \
        --p-front-f ACTCCTACGGGAGGCAGCAG \
        --p-front-r GGACTACHVGGGTWTCTAAT  \
        --o-trimmed-sequences primer-trimmed-demux.qza 






参考:https://forum.qiime2.org/t/demultiplexing-and-trimming-adapters-from-reads-with-q2-cutadapt/2313



  • 发表于 2020-12-23 11:09
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  • 分类:宏基因组

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