cBioportal使用教程

cBioportal使用教程

cBioportal这个网站,促进多维度癌症基因集数据的探索,可以允许跨gene,样本和数据类型的可视化分析。用户可以可视化一个癌症研究中多样本间基因改变的模式,并比较点多癌症研究中gene改变频率,或者在一个个体肿瘤样本中总结概括所有的相关的基因组改变。这个网站也支持生物通路探索,生存分析,基因改变间的相互独特性分析,可选择性的数据下载,编程接口和可以用于发表的可视化总结。

整合进cBioPortal的基因组数据类型包括体细胞突变,DNA copy-number alterations(CNAs),Mrna和microRNA(miRNA)表达,DNA甲基化,蛋白质富集,磷酸化蛋白富集。目前,网站包含从多个癌症研究的数据集。

网站的简化概念是在基因水平整合多种数据类型,然后询问每个sample中专门的生物学事件的呈现(例如,基因突变,基因纯和删除,基因扩增,上调或下调的mRNA或miRNA),蛋白的上下调等。这使得用户可以查询每个gene和每个样本的的遗传学改变,并检验复发(某些特殊癌症)。

cBioportal(链接:https://www.cbioportal.org/)是一个国外网站,在访问时最好有vpn,否则打开的会很慢甚至打不开。

例子:分析PTEN基因在肝癌中的基因组和拷贝数

step1:选择癌症种类,也就是研究对象。在cBioPortal中至少包含32个癌症种类,240个study,基本覆盖所有常见肿瘤。

attachments-2021-09-eUDFAKLm614c20014bb69.pngstep2:选择所要分析的数据类型,这里的数据类型往往包括以下几种:Mutations(突变),putative copy-number alterations(拷贝数变异),mRNA expression z-score(基因表达),这里我们选择默认的突变和拷贝数变异。

attachments-2021-09-Iq8mbuB7614c2107e6209.pngstep3:输入所要分析的基因PTEN

attachments-2021-09-HTSv9tbT614c21505f4f3.png提交后即可分析

1.oncoprint显示7%的样本发生基因改变,类型大部分为PTEN缺失

attachments-2021-09-Jww8HJR6614c219c02065.png2.plot可以绘制各种比较结果图,并可以根据需要更改参数

attachments-2021-09-2FnIHht9614c2311c8ceb.png3.co-expression可以查看所分析基因与其他基因的相关性

attachments-2021-09-bYscyZ07614c238d5aeba.png4.通过comparison/survival绘制查看生存曲线

attachments-2021-09-9YOFSiIn614c23fc4dbf1.png5.通过pathway查看所分析基因的通路信息

attachments-2021-09-CKcg3as6614c2434ab52e.png除此之外,通过cBioPortal得到的一系列分析结果都可以下载保存


  • 发表于 2021-09-23 14:54
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