cBioPortal数据库使用教程

cBioPortal数据库使用教程

cBioPortal介绍

使用cBioPortal数据库可以先阅读关于该数据库的文章:

  • The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data.
  • Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal.

大规模的癌症基因组计划,比如The cancer genome atlas(TCGA) and the International cancer genome consortium(ICGC),正在从多技术平台产生更多的癌症基因组数据。这使得这些数据的整合,探索和分析越来越具有挑战性,尤其是对于没有计算机背景知识的科学家来说。cBioPortal是专门设计来降低对这些复杂数据的接近门槛,因此,促进基因组数据向新的生物学视野,治疗和临床特征的转变。

cBioPortal这个网站,促进多维度癌症基因集数据的探索,可以允许跨基因,样本和数据类型的可视化分析。用户可以可视化一个癌症研究中多样本间基因改变的模式,并比较点多癌症研究中基因改变频率,或者在一个个体肿瘤样本中总结概括所有的相关的基因组改变。这个网站也支持生物通路探索,生存分析,基因改变间的相互独特性分析,可选择性的数据下载,编程接口和可以用于发表的可视化总结。

整合进cBioPortal的基因组数据类型包括体细胞突变,DNA copy-number alterations(CNAs),Mrna和microRNA(miRNA)表达,DNA甲基化,蛋白质富集,磷酸化蛋白富集。目前,网站包含从10个出版的癌症研究的数据集,包括癌症细胞系百科全书,多于20个研究在TCGA流程。对没有一个肿瘤样本,数据是可以从多基因组数据分析平台可获取的。网站的简化概念是在基因水平整合多种数据类型,然后询问每个sample中专门的生物学事件的呈现(例如,基因突变,基因纯和删除,基因扩增,上调或下调的mRNA或miRNA),蛋白的上下调等。这使得用户可以查询每个gene和每个样本的的遗传学改变,并检验复发(某些特殊癌症)。

下面我们介绍该数据库的使用教程

主页面介绍

地址:http://www.cbioportal.org/

  • 发表于 2021-05-08 15:55
  • 阅读 ( 333 )
  • 分类:临床医学

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