blast比对软件使用

BLAST比对原理就是基于序列的相似性,推断该序列的同源基因,又根据同源基因具有相同功能,从而达到功能注释的目的,这个方法往往是有效的。尽管方法会误判(假阳性)或漏判(假阴性),但目前还没有能替代相似性推断同源性的方法,只能通过设置合理的阈值,尽量减少假阳性和假阴性的发生。但相似性并不能证明同源性。

一、下载

下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST

选择需要的版本进行安装即可

二、使用

1. 建库

makeblastdb -in genome.cds.fa -dbtype nucl -title genome.cds.fa #DNA序列makeblastdb -in genome.pep.fa -dbtype prot -title genome.pep.fa #蛋白质序列

说明:

-in:建库序列

-dbtype:数据库类型

以蛋白质序列为例,运行结果:

attachments-2021-02-xSIakEvA60334e1ec61eb.png


2 . 比对 

blastall -i Aphidoidea.fa -d genome.cds.fa -p blastn -e 1e-10 -b 5 -v 5 -m 8 -o yachong.blast

说明:

-i:需要比对的文件的路径 

-d:数据库的路径 

-e:期望值,这一参数控制搜索的灵敏度

-b:设定输出文件中,最多显示多少个query-subject两两比对文本描述,默认值 为250

-v:设定输出文件中,匹配列表最多显示多少个subject,默认值为500

-m:设定搜索结果的显示格式,m参数的选项有12个(通常用-m8格式)

-o:输出文件的路径

-p : 可选择blast的方法:blastp,blastx,blastn


-pquery
database
blastn
核酸
核酸
blastp
蛋白质 
蛋白质
blastx
核酸 
蛋白质
tblastn
蛋白质
核酸 


3.比对结果:

运行代码之后,会生成文件 yachong.blast,文件内容如下:

attachments-2021-02-JIvb28Hd60334e554cd9a.png

一共有12 列,分别代表:

1、Query id:查询序列ID标识

2、Subject id:比对上的目标序列ID标识

3、% identity:序列比对的一致性百分比

4、alignment length:符合比对的比对区域的长度

5、mismatches:比对区域的错配数

6、gap openings:比对区域的gap数目

7、q. start:比对区域在查询序列(Query id)上的起始位点

8、q. end:比对区域在查询序列(Query id)上的终止位点

9、s. start:比对区域在目标序列(Subject id)上的起始位点

10、s. end:比对区域在目标序列(Subject id)上的终止位点

11、e-value:比对结果的期望值

12、bit score:比对结果的bit score值

注意:结果会出现一条查询序列与多条目标序列相似的情况,挑选打分高即可(红色线条部分);还会出现一条查询序列与同一条目标序列不同位置相似的情况(黄色线条部分)。

attachments-2021-02-N5jwWrYk60334fa5055a3.png

此外:

blast还有在线版:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

使用参考:https://www.omicsclass.com/article/1192


此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

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  • 发表于 2021-02-22 14:29
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  • 分类:软件工具

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Morii
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