mirDeep2的使用

miRNA的鉴定:利用miRDeep2软件进行已知及新(保守及非保守)的miRNA鉴定。miRDeep2会在reads比对到基因组上的位置两端分别延伸75、15bp进行结构预测。

1、安装


下载链接:https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/archive/v0.1.3.zip

参考说明:https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2


2、分析流程


第一步:建立索引Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds.fa为参考基因组序列)

bowtie-build Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds.fa Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds


第二步:将read回帖到参考基因组

perl mapper.pl mapper.cfg  -c -j -l 18 -m -v  -d -p Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds -s Total_reads_collapsed.fa -t Total_reads_collapsed_vs_genome.arf


部分参数含义:

  • -c 表示输入文件是fasta
  • -j 移除ATCGUNatcgun以外的字符
  • -l 18 剔除长度在18 bp以下的序列
  • -m 合并相同的reads
  • -v 输出过程报告
  • -d 如果要处理多个样本,则指定配置文件(mapper.cfg )
  • -h 如果不是fasta,用该参数处理成fasta
  • -k 表示去除接头序列
  • -p bowite索引
  • -s 处理后的read (Total_reads_collapsed.fa)
  • -t 处理后比对文件 (Total_reads_collapsed_vs_genome.arf)


第三步:快速定量(可跳过)

quantifier.pl precursors.fa mature.fa reads.fa star.fa/none species/none \

 timestamp/none pdf

输出结果miRNA_expressed.csv, 记录每个样本的每个miRNA的count数,结果同样可以用网页打开查看


第四步:鉴定已知和未知的miRNA

miRDeep2.pl Total_reads_collapsed.fa  Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds.fa Total_reads_collapsed_vs_genome.arf \

  mature_ref_this_species.fa mature_ref_other_species.fa \

  precursors_ref_this_species.fa -t C.elegans 2> report.log



参考资料:https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/blob/master/TUTORIAL.md

  • 发表于 2021-01-08 16:38
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  • 分类:软件工具

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Morii
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