STAMP使用(组间差异)

用FAPROTAX数据库注释得到的功能表,可以在STAMP内进行组间差异分析,且软件绘制出的图片精美,可直接用于文章发表。 一.STAMP软件简介 1.STAMP软件是分析微生物物种与功能组成的可视化软件,...

用FAPROTAX数据库注释得到的功能表,可以在STAMP内进行组间差异分析,且软件绘制出的图片精美,可直接用于文章发表。

一.STAMP软件简介

1.STAMP软件是分析微生物物种与功能组成的可视化软件,提供了多种假设检验方法以及不同类型的结果图片。

2.软件下载地址:  https://beikolab.cs.dal.ca/software/STAMP  (按照提示安装即可)

二.使用方法

1.需准备的输入文件:

(1)物种功能表(用faprotax注释直接得到,方法:https://www.omicsclass.com/article/1330

attachments-2020-10-ScsbkEWM5f866987c5ce7.png

(2)样本信息表

attachments-2020-10-xEQLvW3Q5f866a35ccfb4.png2.步骤

    (1)打开软件:点击左上角 file --> load data

attachments-2020-10-UnSUeDtE5f866cdea243c.png

    (2)输入文件1,2

attachments-2020-10-6mgirgqy5f866d0a41de0.png    (3)点击OK得到如下结果,粉色标记下选择图片类型,黄色标记下可更改图片大小,标注等

attachments-2020-10-o7kQkE345f866e91af947.png    (4)在左侧选择要比较的分组,多组推荐ANOVA进行假设检验,两组样品推荐Welch’s t-test(非正态分布,方差不齐)

方法描述
ANOVA(多组)
用于检验多组均值是否相等的方法。可被认为是可分析多组的t-test
Kruskal-Wallis H-test (多组)
无参数的秩合检验方法,检验多组的中位数是否相等。它考虑样品排序位置而不是真实数值或比例。它不基于数据是正态分布的前提。此方法要求每组至少5个样本。
t检验
假设两组有相同的方差,当假设成立时,它比Welch’s检验更强,主要用于样本含量较小(例如n<30),总体标准差σ未知的正态分布。
Welch’s t-test
t-test的一种变形,用于当两组无法满足方差相同的假设时使用。
White’s无参t-test
无参数的检验,由White为临床宏基因组数据分析提出。此方法使用排序过程移除标准t-test的正态假设。


多重检验校正

Benjamini-Hochberg FDR
控制假阳性率FDR
Bonferroni
控制整体错误率的经典方法,被批评太保守
Sidak
在整体错误率控制中使用不多,但均匀分布数据上比Bonferroni更强,但需要假设个体检验是独立的
Storey’s FDR
控制FDR的新方法,比BH更强。需要估计一些参数和更多的计算资源。

选择适合样本方法绘图:可看到两组样本中哪些功能具有显著差异及P值大小。

attachments-2020-10-olonCh2s5f8671a7e847c.png(5)保存图片,建议pdf格式。

attachments-2020-10-OjEo03q05f8673e781d03.png



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  • 发表于 2020-10-14 11:45
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  • 分类:软件工具

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Morii
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