组学大讲堂samtools工具docker镜像使用方法:

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1.查询镜像:

$ docker search omicsclass
INDEX       NAME                                     DESCRIPTION                     STARS     OFFICIAL   AUTOMATED
docker.io   docker.io/omicsclass/biocontainer-base   Biocontainers base Image        0
docker.io   docker.io/omicsclass/samtools            samtools 1.10 from omicsclass   0

2.下载镜像

docker pull docker.io/omicsclass/samtools:latest

运行镜像并使用samtools对t.fa文件建立索引

$ ll
-rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft   70 Mar 16 17:30 t.fa
$ pwd
/biosoft/docker/samtools
$ docker run -v /biosoft/docker/samtools:/work --rm   d505ac3f6c30 samtools faidx t.fa
$ ll
total 24
-rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft   70 Mar 16 17:30 t.fa
-rw-r--r-- 1 root    root      14 Mar 16 17:55 t.fa.fai

或者直接可以把当前工作路径传递进去:

docker run -v `pwd`:`pwd` -w `pwd` --rm   d505ac3f6c30 samtools faidx t.fa         # -w 设置容器中的工作路径
       

3.总结
是不是很好用,不用安装软件,直接使用samtools,彻底解决安装软件时间;


跟多docker内容见:https://www.omicsclass.com/article/1181

docker基础视频课程:实验室linux生信分析平台搭建


  • 发表于 2020-03-16 17:58
  • 阅读 ( 3884 )
  • 分类:linux

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