cytoscape软件安装与使用-绘制蛋白互作网络图

cytoscape绘制蛋白互作网络图

1.cytoscape软件安装

1.java JDK安装,建议jdk 8,安装方法:https://www.omicsclass.com/article/298
2.cytoscape软件下载安装,必须上一步java jdk安装完成之后才可以安装cytoscape软件,因为cytoscape软件为java软件。https://cytoscape.org/

attachments-2019-12-fQfL6fUj5de4ca804448c.png

2.基本使用,网络图绘制,分析等等


2.1 网络导入

导入网络数据,为txt文件两列数据就可以,如果是蛋白互作网络关系,可以从STRING数据库得到:https://www.omicsclass.com/article/1126attachments-2019-12-UHmbYzWb5de4cbc51a468.png

文件准备好之后可以导入网络了,方法:attachments-2019-12-4IKAEjBu5de4cc0b7a6c1.png

设置网络的,节点信息:

attachments-2019-12-PEQXP9Dl5de4cca7700fc.png

然后就可以得到网络图了:attachments-2019-12-8pOQdDa45de4ccdf7d031.png


2.2 网络图修改美化

上面的网络图比较丑,可以做一些修改美化,比如,点的型状颜色,线的颜色等等设置;

整体设置:

attachments-2019-12-XjkhkQJM5de4ce970ab83.png


更多网络图绘制,展示,编辑,分析技巧见:cytoscape与网络图绘制课程

  • 发表于 2019-12-02 16:26
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  • 分类:软件工具

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