基因别名alias转换成官方symbol

limma包提供 alias2Symbol 可以将部分物种基因的别名,通过NCBI EntrezID转换成官方的gene symbol

limma包提供 alias2Symbol 可以将部分物种基因的别名,通过NCBI EntrezID转换成官方的gene symbol

譬如:以人的 AP2基因为例:

> alias2Symbol(c("AP2"),species = "Hs",expand.symbols = F)
[1"GTF3A"

 

支持多alias同时转换。修改数组向量元素即可。

转换过程将依赖对应的org包,需要提前进行安装:

Package  Species
org.Ag.eg.dbAnopheles
org.Bt.eg.dbBovine
org.Ce.eg.dbWorm
org.Cf.eg.dbCanine
org.Dm.eg.dbFly
org.Dr.eg.dbZebrafish
org.EcK12.eg.dbE coli strain K12
org.EcSakai.eg.dbE coli strain Sakai
org.Gg.eg.dbChicken
org.Hs.eg.dbHuman
org.Mm.eg.dbMouse
org.Mmu.eg.dbRhesus
org.Pt.eg.dbChimp
org.Rn.eg.dbRat
org.Ss.eg.dbPig
org.Xl.eg.dbXenopus



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  • 发表于 2019-01-04 16:46
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Daitoue
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