... 文件仍是以模块颜色来分的，且都是edges的文件。 代码用的是课程里下载的无性状代码： 十分感谢老师百忙之中的帮助！ 我用课程的数据做了下，前面的图都还正常，到了这个图，跟我用自己的数据做出来的样子差不多，...
老师，您好：转录组分析时因为DEGs个数较少，用的p-vaule筛选的DEGs,审稿人一直问为什么不用FDR，老师这个问题该怎么回答。 Point 6: - Line 600: DEGs were determined using p-value < 0.05 and fold change ≥ 1.5. What is the rationale behind using pvalues i...
...和p value值，差异的基因（蛋白）太多了，如何筛选。其中最为关键的是需要对p value进行校正。 基本概念： 零假设：在随机条件下的分布。p值：在零假设下，观测到某一特定实验结果的概率称为p值。假阳性：得到了阳性结果...
黄老师给的这个链接：计算Kaks你可以了解一下kaks ：https://www.omicsclass.com/article/699 并没有解决问题
...持本地 shell 的终端就可以用。trzsz.js -- 让运行在浏览器中的 webshell 和用 electron 开发的终端支持 trzsz。 mac默认的terminus会复杂一点,需要下载一个trzsz-ssh插件,可以直接brew下载,也可以去官网https://github.com/trzsz/trzsz-ssh 下载好以后...
...大军的主力。虽然越来越多的女生考研，但是却始终摆脱不了性别偏见，之前学霸姐姐写过一篇文章曾经和大家探讨过，现在女研究生现状就是——导师不爱，工作被歧视，2位同样优秀的研究生，导师更愿意选其中的男生，就...
...b这一步。是不是blast出了问题？关键是我一个月之前还能用的，中间重装了一次linux系统（还是用的组学大讲堂的装机包），但是这次用就不行了。 生成的last文件为空，关键是原来可以跑成功的cds文件和bed文件这次也不行了，...
这个错误信息 * Using trimming files: /work/12.EVM/00.data/UniVec seqclean running options: seqclean genome.repeat.fa -c 1 -n 10000 -v UniVec Standard log file: seqcl_genome.repeat.fa.log Error log file: err_seqcl_genome.repeat.fa.log Using 1 CPUs for cleaning -= Rebuilding...
老师您好。我现在用一个无参的转录组筛选某基因家族，我看到您之前说只要有蛋白文件就可以用有参的方法来筛选。我有两个问题：1.无参转录组中有unigene的pfam注释文件，能不能直接搜索我要找的基因家族来确定？是否还需...
...差，无法满足高质量期刊的要求。因此，在实际操作过程中，需要对一些多重序列比对的文件进行着色美化。 GeneDoc简介 GeneDoc是蛋白质和DNA序列同源比较的辅助软件，它不能对多个序列以某种算法进行自动比较，但是能对其他...
...进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总，是处理sam和bam文件（例如：转录组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，而重测序中BWA、bowtie等比对软件则主要...