5 用无参转录组做基因家族分析

老师您好。我现在用一个无参的转录组筛选某基因家族,我看到您之前说只要有蛋白文件就可以用有参的方法来筛选。我有两个问题:1.无参转录组中有unigene的pfam注释文件,能不能直接搜索我要找的基因家族来确定?是否还需要用hmmer对unigene的pep文件进行筛选?2.无参转录组筛选出的基因家族与基因组筛选出来的基因家族代表的意义是否一样?转录组筛选出的cluster是代表一个基因不同的转录本么?还是代表不同基因的转录本?谢谢!

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1 个回答

生信老顽童

1、建议使用hmmer或者blast比对的方法进行鉴定。
2、通过基因组或者unigene库鉴定的都有意义。

3、无参鉴定出的基因,有可能出现结构域不完整、序列比较短等情况

4、你说的cluster是什么通过什么方法筛选出了的?没有明白。

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