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文章 送你一个小巧好用的序列分析软件-APE-功能强大，操作简单！

...行酶切位点预测，APE可以帮我们轻松完成！打开APE，点击File-new，将要分析的序列复制到对话框；或者点击open，打开下载的序列文件(fasta或者gb格式)。点击Enzymes,选择Enzymes select选项，如下图所示： 进入Enzymes select后，在内切酶...

文章 使用Dockerfile制作生物信息分析基础镜像

...内容，就是描述该层应当如何构建。 还以之前定制 centos7 镜像为例，这次我们使用 Dockerfile 来定制。 在一个空白目录中，建立一个文本文件，并命名为 Dockerfile： $ mkdir mydocker $ cd mydocker $ touch Dockerfile 其内容为： # Base ima...

文章 你不知道的微生物互作分析方法

...据与设置 点击Data menu。在弹出的窗口选项——Select  file中导入丰度矩阵，并进行相关设置（如下图）。 完成初步数据设置之后，选择该窗口的Metadata and features(optional)，开始其他设置，并导入环境因子数据，包括勾选expl...

文章 vcf格式文件基础知识与编辑操作详解

... Samples With Data">##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency">##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=String,Description="Ancestral Allele">##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership,...

文章 兰花发育中器官发生的时空图谱数据下载示例

...et -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE198128&format=file" -O GSE198128_RAW.tar 样本信息 #series_sample_iddevelopmental_stagetissuecodeSRRslideGSM5939574bud1-6FlowerAM559-ST-010001SRR18292617slide1GSM5939575bud7FlowerAM559-ST-010003SRR18292616slide2GSM5939576bud8FlowerAM5...

问题 位点注释老师出错，跑不出想要的VCF+txt文件,使用annotate_variation.pl不会报错

...riant_function> Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error): <line3523389 nonsynonymous SNV       Os10g0100200:Os10t0100200-01:exon1:c.G87C:p.W29C        chr10      44989   44989   G       C       .       .       .      ...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...5,5n  >./AA.in.filter 配置文件(config)： SetParaFor = globalFile1 = ./AA.in.filter ## 这个是必须输入参数，并且尽量放在最前,link时格式为[Chr Start End Flag ChrB StartB EndB] ## 其中用NA表示不画，chr End End NA不画但End可以用来记录为chr的长度V...

文章 miRNA与靶基因相关性作图

...'help' , 'h', 0, "logical","for help",'input' , 'i', 1, "character","input file ,required",'name' , 'n', 1, "character","photo name"), byrow=TRUE, ncol=5);opt = getopt(spec);print_usage <- function(spec=NULL){cat(getopt(spec, usage=TRUE));q(status=1);}if ( !is.null(opt$help) ) { print_usage(spec)...

文章 群体遗传进化分析用MEGA

...Ts/Tv数据为“nc”,进行一个遗传距离计算，设定Substitution to Include是R=s/v，那么后续的结果还是“nc”。 那么你遇到过类似的情况吗？很明显，这种情况虽然不是常态，但并不是没有。 但是当你使用MEGA进行分析的时候遇见...

文章 Python 操作 读取 写出 Excel 文件 提高工作效率

...tils 读取excel # ----读取excel---- data= xlrd.open_workbook(excel_file) 读取sheet # ----读取sheet---- # 通过索引顺序获取sheet table = data.sheets()[0] # 通过索引顺序获取sheet table = data.sheet_by_index(0)) # 通过名称获取sheet table = data.sheet_by_name("...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...5,5n  >./AA.in.filter 配置文件(config)： SetParaFor = globalFile1 = ./AA.in.filter ## 这个是必须输入参数，并且尽量放在最前,link时格式为[Chr Start End Flag ChrB StartB EndB] ## 其中用NA表示不画，chr End End NA不画但End可以用来记录为chr的长度V...

文章 MutMap+和mutmap分析差异（BSA）

...变的？ 答：作者利用重测序的方法，对野生型品种（Hitomebore）进行重测序，将read比对到参考基因组日本晴（Nipponbare ）上，将Hitomebore和Nipponbare 之间的差异进行替换，得到Hitomebore的参考基因组，如果我们的突变型测序结果比...

文章 R语言绘制多分组差异分析结果图

...的包 # 1.安装CRAN来源常用包 #设置镜像， local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(repos=r)}) # 依赖包列表：自动加载并安装 package_list <- c("ggplot2","ggnewscale","tidyverse","ggrepel","dplyr","devtools") ...

文章 IF=5 | 健康犬的肠道微生物组和代谢组对膳食纤维的反应

...ms》发表了一篇题为“Response of the gut microbiome and metabolome to dietary fiber in healthy dogs”的文章。” 这项研究探讨了膳食纤维与肠道微生物群及其功能之间的相互作用。通过分析健康犬只摄入不同纤维来源和数量的12种食品后的粪便...

文章 fastqc质控报告查看

...p;shareId=400000000234009&courseId=1005231058 2.Basic Statistics Filename:文件名 File type: 文件类型 Encoding：测序平台的版本和相应的编码版本号 Total Sequences: total reads的数量 Sequence length: 测序长度 %GC: GC含量，表示整体序列的GC含量，...