送你一个小巧好用的序列分析软件-APE-功能强大,操作简单!

APE是一款序列分析软件,可以对序列进行酶切位点预测、序列比对、引物设计、DNA序列翻译等等,用途是十分广泛,APE软件小巧快速,操作简单,下面我们一起了解一下它的功能! 1. 酶切位点预测...
APE是一款序列分析软件,可以对序列进行酶切位点预测、序列比对、引物设计、DNA序列翻译等等,用途是十分广泛,APE软件小巧快速,操作简单,下面我们一起了解一下它的功能!

1. 酶切位点预测

在进行克隆实验时,为了避免插入片段被酶切,所以尽量避免选择序列所包含的限制性内切酶,这时需要进行酶切位点预测,APE可以帮我们轻松完成!打开APE,点击File-new,将要分析的序列复制到对话框;或者点击open,打开下载的序列文件(fasta或者gb格式)。点击Enzymes,选择Enzymes select选项,如下图所示:

attachments-2020-06-4AuYkLjl5ef965a853a46.png进入Enzymes select后,在内切酶列表中选择感兴趣的酶,选中会标红,如下图:

attachments-2020-06-rfwU3Bm75ef965cfb85e8.png选择内切酶完毕后,列表下方点击Digest with all,即可完成酶切预测,结果如下图:

attachments-2020-06-swCxLQfa5ef965e6a788b.png

2. 特异性引物设计

选中需要设计引物的序列,点击Tool中Find primer,软件默认引物长度为20—25nt、GC含量45-60%、Tm值55-60度,如下图,设计特异性引物非常方便!

attachments-2020-06-HPXUiOak5ef965ff37af8.png引物设计结果如下,引物与序列关系是交互式的,引物前数字是引物起始位置:

attachments-2020-06-gQngVxEJ5ef96615ab225.png

3. 序列比对

打开两个序列文件,点击Tool中Align two sequence,可以对两个序列进行比对,其中不同序列部分会红色标注,序列差异一目了然。attachments-2020-06-zBKSWra75ef96639790d0.png

4. 与NCBI序列比对

APE软件还可以将序列直接与NCBI数据库中序列进行比对,选中要比对的序列,点击Tool工具中BLAST sequence at NCBI,软件自动打开NCBI比对页面,如下:

attachments-2020-06-U6mDrWeg5ef966474499d.png

5. sgRNA辅助设计

选中序列后,点击Tool中sgRNA,APE便会自动进行辅助设计CRISPR/CAS9引物,建议参考用!

attachments-2020-06-ItB5QzK05ef9666b35025.png

6. 蛋白质翻译

选中序列后,点击CDS工具中Traslate或直接快捷键Ctrl+T,便可将选中序列翻译为蛋白质序列。attachments-2020-06-0BV8XHnS5ef9668d342c5.png以上是APE软件几个简单实用的功能,其实该软件还有很多其他功能,感兴趣的下载体验一下吧!

attachments-2020-06-k3EZnPmf5ef966982ad6e.png上图就是APE网站首页,点击下载安装即可,网址:https://jorgensen.biology.utah.edu/wayned/ape/

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8.生物信息实战技能,0基础也可以学会,内含脚本及demo数据:RNAseq有参转录组自主分析基因组重测序自主分析、微生物多样性自主分析

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  • 发表于 2020-06-29 11:58
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  • 分类:软件工具

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