APE是一款序列分析软件，可以对序列进行酶切位点预测、序列比对、引物设计、DNA序列翻译等等，用途是十分广泛，APE软件小巧快速，操作简单，下面我们一起了解一下它的功能！

1. 酶切位点预测

在进行克隆实验时，为了避免插入片段被酶切，所以尽量避免选择序列所包含的限制性内切酶，这时需要进行酶切位点预测，APE可以帮我们轻松完成！打开APE，点击File-new，将要分析的序列复制到对话框；或者点击open，打开下载的序列文件(fasta或者gb格式)。点击Enzymes,选择Enzymes select选项，如下图所示：

进入Enzymes select后，在内切酶列表中选择感兴趣的酶，选中会标红，如下图：

选择内切酶完毕后，列表下方点击Digest with all，即可完成酶切预测，结果如下图：

2. 特异性引物设计

选中需要设计引物的序列，点击Tool中Find primer，软件默认引物长度为20—25nt、GC含量45-60%、Tm值55-60度，如下图，设计特异性引物非常方便！

引物设计结果如下，引物与序列关系是交互式的，引物前数字是引物起始位置：

3. 序列比对

打开两个序列文件，点击Tool中Align two sequence，可以对两个序列进行比对，其中不同序列部分会红色标注，序列差异一目了然。

4. 与NCBI序列比对

APE软件还可以将序列直接与NCBI数据库中序列进行比对，选中要比对的序列，点击Tool工具中BLAST sequence at NCBI，软件自动打开NCBI比对页面，如下：

5. sgRNA辅助设计

选中序列后，点击Tool中sgRNA，APE便会自动进行辅助设计CRISPR/CAS9引物，建议参考用！

6. 蛋白质翻译

选中序列后，点击CDS工具中Traslate或直接快捷键Ctrl+T，便可将选中序列翻译为蛋白质序列。以上是APE软件几个简单实用的功能，其实该软件还有很多其他功能，感兴趣的下载体验一下吧！

上图就是APE网站首页，点击下载安装即可，网址：https://jorgensen.biology.utah.edu/wayned/ape/

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