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文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

group <-  cluster_optimal(net)   Error in cluster_optimal(net) :   At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call Execution halted 解决办法： 在使用igraph的测试用例时，发生GLPK相关的报错：> g <- make_g...

文章 biolinux虚拟机不能为虚拟机打开一个新任务，或者一直黑屏解决办法

报错信息：不能为虚拟电脑 Bio-Linux-8.0.7 打开一个新任务.VT-x is disabled in the BIOS for all CPU modes (VERR_VMX_MSR_ALL_VMX_DISABLED).返回 代码: E_FAIL (0x80004005)组件: ConsoleWrap界面: IConsole {872da645-4a9b-1727-bee2-5585105b9eed} 报错截图： ...

文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

...ipt-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown”  其中StringTie 在组装转录本的完整度，精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升。 StringTie 使用说明:   stringtie <input.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l &l...

文章 blastn使用方法及结果详解

一、blastn使用 1. 建库 makeblastdb -in xxx.fa -dbtype nucl 2. 进行序列比对 blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库，同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列，fasta格式 -out：输出结果...

文章 使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

视频课程推荐：https://study.omicsclass.com/index 分析文件准备方法介绍： 如果不会编程，上述xpclr的输入文件还是不好准备的，这里教大家利用plink准换生成.geno 文件；由于xpclr一次只能运行一条染色体，所以这里举例第一条染色...

文章 seqkit序列处理神器的常用命令

...单行fastq文件scat            real time recursive concatenation and streaming of fastx filesseq             转换序列(反向，补充，提取ID…)shuffle         随机序列sliding         序列滑窗提取，支持环形基因组sort            按id/名称/...

文章 lm()多元回归分析结果解读

...‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1Residual standard error: 0.5099 on 34 degrees of freedomMultiple R-squared:  0.9383,    Adjusted R-squared:  0.9328 F-statistic: 172.3 on 3 and 34 DF,  p-value: < 2.2e-16 mySummary = summary(myModel) mySummary[1]或mySummar...

文章 IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

...leic Acids（IF: 8.86）Immune-Related lncRNA to Construct Novel Signature and Predict the Immune Landscape of Human Hepatocellular Carcinoma 背景介绍 1.尽管肝细胞癌 (HCC) 发生率与死亡率很高，其致病因素繁多，但HCC 的药物治疗也取得了相当大的进展，尤其...

问题 使用Launch_PASA_pipeline.pl 脚本报错

使用Launch_PASA_pipeline.pl 脚本报错 报错信息： (base) admin1@admin1-PowerEdge-R730xd:/mnt/6aa0485e-9dc6-4840-b61a-0798134475bf/jiegou$  /usr/local/src/PASApipeline/Launch_PASA_pipeline.pl  -c alignAssembly.config -C -R -t Trinity-GG.fasta --ALIGNERS minimap2 -g ./genome.fasta --CPU 6...

文章 CRISPR基因编辑MC-3T3细胞系—骨相关研究的神器-源井生物

...gh the Deletion of the Transcription Factor Rorb in Mice. Journal of Bone and Mineral Research, 33(4) 2018, 720–731. 注明 | 文章是源井生物原创，转载请注明。 关 注 供 纵 昊 “源井生物”，了解更多基因编辑相关资讯。

文章 R语言“had non-zero exit status”安装报错

在windows或者R语言安装某些R包时，出现以下报错： In install.packages(...) : installation of package ‘muscle’ had non-zero exit status 导致这个状态的原因有： 1.包加载安装过程中编译不能通过，因此执行安装加载通过不了。 2.library中路...

文章 用R做蛋白互作分析

...实现这样的目标，方法有多种。一般比较常见的是采用STRING 这个网站，在网站上分析。其实采用R包STRINGdb也可以实现。代码参考如下： ############################################################ # 安装STRINGdb 软件包 # source("https://bioconductor.o...

文章 这种机器学习算法已经在微生物分析中成功应用

...的投票多少而定。 随机森林应用 在R语言中，我们调用randomForest包中的randomForest()函数来实现随机森林算法。 首先安装这个R包 install.packages("randomForest")  安装成功后，导入randomForset包 library(randomForset) 之后需要读入准备好...

问题 R语言分析GEO数据，您好老师，19年参加培训的时候就是用的R3.6.1，自己运行出现如下报错

> boxplot(AffyBatch,col = cols,xaxt="n") Error in getCdfInfo(object) : Could not obtain CDF environment, problems encountered: Specified environment does not contain HuRSTA-2a520709 Library - package hursta2a520709cdf not installed Bioconductor - hursta2a520709cdf not available > options(Bi...

文章 Horticulture Research | 基因组变异揭示了莲花的种群历史和生物适应性

...re Research》上发表了“Genomic variation reveals demographic history and biological adaptation of the ancient relictual, lotus (Nelumbo Adans.)”。该论文组装了高质量的‘太空莲3号’基因组，研究了莲突变积累系（MA）的基因组变异，并基于野莲资源的重...