geo_gene_exp_download.r GEO数据自动下载与整理

geo_download.r GEO数据下载

使用方法:


$Rscript /share/work/huangls/piplines/omicsclass/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r  -h
usage: /share/work/huangls/piplines/omicsclass/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r
       [-h] -g gse [-f func] [-p palette] [-G gpl] [-s Gene Symbol] [-x]
       [--log2] [-o outdir] [-H height] [-W width]
download GEO data ; https://www.omicsclass.com/article/1492
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -g gse, --gse gse     GEO Series Accession [required]
  -f func, --func func  dup gene name expression select func: mean max median
                        [default max]
  -p palette, --palette palette
                        A palette name from RColorbrewer [default Accent]
  -G gpl, --gpl gpl     GPL file for annotation [default None]
  -s Gene Symbol, --symbol Gene Symbol
                        Gene Symbol column name [default Gene Symbol]
  -x, --no.xaxis        not show x axis sample name [default False]
  --log2                whether do log2 normalize [optional, default: False]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default /share/nas1/huangls/pro
                        ject/zx-20210914-383-gwas_cfdr/gene_exp]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 8]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 10]


使用举例:

Rscript /share/work/huangls/piplines/omicsclass/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r  -g GSE7429
Rscript /share/work/huangls/piplines/omicsclass/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r -g GSE43488 -G GPL13667-15572.txt


结果输出:


attachments-2021-06-Uqb140w360cc816e6366e.png

数据整理说明

探针与基因对应:

1.一个基因对应多个探针: 取均值,最大值,等

2.一个探针多个基因,取第一个基因名字


表达量是否需要重新标准化:

可以通过boxplot函数观察一下样本表达丰度值的分布是否整齐进行判断

是否需要log2:根据数据值的大小:

如果表达丰度的数值在50以内,通常是经过log2转化的。如果数字在几百几千,则是未经转化的。



使用过程中常见问题:

1. 如果中通下载中断 可以用wget -c 下载完成之后再运行该命令:

attachments-2021-10-598HW8k5616e25556fbae.pngwget -c 继续下载

attachments-2021-10-3gJDN7DJ616e252610eca.png

2.GPL文件下载失败:
可以自己下载GPL文件, GPL 文件应去掉含有#号的行,第一列必须是探针ID,里面必须有 "Gene Symbol"  (注意大小写)列不同的基因用 /// 分割:
  

  • 发表于 2021-06-18 17:06
  • 阅读 ( 798 )
  • 分类:GEO

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