在线绘制基因染色体位置图

在线绘制基因染色体位置图

之前我们在 绘制基因染色体位置图 这篇文章里介绍了Mapchart软件绘制基因染色体位置图。今天再介绍一个可以绘制染色体位置图的在线网站——MapGene2Chrom
网站地址:http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.1/。

输入文件准备

绘制染色体位置图需要准备两个文件:基因位置文件和染色体长度文件。基因位置文件格式如下:

AT1G06180.1    1889408 1891158 Chr1    
AT1G08810.1    2819065 2820395 Chr1    
AT1G08810.2    2819068 2820020 Chr1    
AT1G09540.1    3086159 3087912 Chr1    blue
AT1G09770.1    3161841 3165360 Chr1    red

第一列为基因ID;第二列为基因起始位置;第三列为基因终止位置;第四列为;基因所属染色体名称;第五列为设置基因的颜色。
染色体长度文件格式如下:

Chr1    30427671
Chr2    19698289
Chr3    23459830
Chr4    18585056
Chr5    26975502

第一列为染色体名称;第二列为染色体长度。

绘图

准备好输入文件后即可打开MapGene2Chrom网站绘制图片了。将基因位置信息和染色体长度信息分别输入对应的文本框中,点击 “DRAW” 绘图,生成图片如下。

attachments-2021-11-roD7qPO6618e17e67900b.png


网站左侧还可以设置一些参数,对图片进行修改:

attachments-2021-11-dYvYoM8s618e182ddeee0.png

如设置染色体名称的字体、大小和颜色,染色体的宽高以及颜色,基因名称的字体大小及显示方式等。大家可以试着设置一下,绘制自己需要的图片,小编这里就不细讲了。
绘制好图片后即可下载需要的图片格式。

attachments-2021-11-DmbnvZ6E618e184017f21.png

好了,今天就到这里,大家操作一下试试吧,下期再见!


此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接:

http://m.study.163.com/provider/400000000234009/index.htm?share=1&shareId=1031480318


  • 发表于 2021-11-12 15:30
  • 阅读 ( 109 )
  • 分类:软件工具

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
安生水
安生水

249 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 496 文章
  2. 安生水 249 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. CORNERSTONE 72 文章
  6. 红橙子 66 文章
  7. 生信老顽童 48 文章
  8. landy 37 文章