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问题 fst_pi_select_sweep.r软件不可用

...i_select_sweep.r: /biosoft/miniconda/bin/Rscript: bad interpreter: No such file or directory

问题 合并选择区域时出现错误，请教一下，要怎么解决呢？是不是把前面的- 删掉

...>fst_top0.5_selected_region.txt Error: Sorted input specified, but the file - has the following out of order record hic_scaffold_13100014100002.170817908590890.004903580.00525442 -0.0996961085700556FS_D selected region

文章 geo_gene_exp_download.r GEO数据自动下载与整理

...tte name from RColorbrewer [default Accent]  -G gpl, --gpl gpl     GPL file for annotation [default None]  -s Gene Symbol, --symbol Gene Symbol                        Gene Symbol column name [default Gene Symbol]  -x, --no.xaxis        not show x axis sample name [default False...

问题 突然出现不能为虚拟机打开一个新任务，没有找到跟我一样的报错问题。详细报错如下

Call to WHvSetupPartition failed: ERROR_SUCCESS (Last=0xc000000d/87) (VERR_NEM_VM_CREATE_FAILED). 返回 代码: E_FAIL (0x80004005) 组件: ConsoleWrap 界面: IConsole {872da645-4a9b-1727-bee2-5585105b9eed}

文章 blast XML结果解析，获得更多blast比对信息 perl

... $searchio     = new Bio::SearchIO(    -format => "$format",    -file   => "$fi");open OUT,">$out" or die "$!";######################################print OUT "query_name\thit_name\tquery_length\thit_length\tidentity\talign_length\tmismatch\tgaps\tquery_start\tquery_end\thit_start\...

文章 Mac | Mac M 芯片应用意外退出问题

...执行以下命令 /usr/sbin/softwareupdate --install-rosetta --agree-to-license 安装Rosetta 2成功后，即可成功打开应用 ————————————————

问题 老师，我在做基因家族鉴定，提取结构域序列，出现这样提示，请问怎么解决

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2 /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2 .) at ...

问题 cafe5#基因家族总数#这一步报错

...tandardPaths: error creating runtime directory '/run/user/1037' (Read-only file system)

文章 qiime2 安装-使用国内镜像避免网络原因报错：

...024.10-py310-linux-conda.yml conda env create -n qiime2-amplicon-2024.10 --file qiime2-amplicon-2024.10-py310-linux-conda.yml 注意这里的文件需要修改一下，镜像源修改为国内的清华镜像，其他不变： channels:  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/qi...

问题 关于RNAseq的docker分析中获取基因长度报错问题

... -p gene_length；报错信息为： Traceback (most recent call last):  File "../scripts/get_gene_length_from_gtf.py", line 51, in <module>    if kvs['gene_id'] in geneL and kvs['transcript_id'] in geneL[kvs['gene_id']]:KeyError: 'gene_id'gtf如下：请教老师如何解决这个问题...

问题 扩增子：真菌ITS分析unite不匹配

...7.qza \    --p-trim-length -1 \    --p-sample-stats \    --p-jobs-to-start 10 \    --p-min-reads 1 \    --o-representative-sequences deblur-repset-seqs.qza  \    --o-table deblur-table.qza \    --o-stats deblur-stats.qza 报错如下                     There was ...

问题 作共线性分析的时候，用水稻的bed文件，无法获得水稻的cds，是不是因为水稻的cds.fa文件内是os08t0254300-00，而不像拟南芥的at012358.1这样后缀不一样，所有无法过去它的cds

...:SeqIO; use Bio::Seq; #读入蛋白序列 $in = Bio::SeqIO->new( -file   => "$ARGV[1]", -format => 'Fasta' ); #输出蛋白序列： $out = Bio::SeqIO->new( -file   => ">$ARGV[2]", -format => 'Fasta' ); #读取需要提取基因ID my %keep = (); open IN, "$...

文章 seqkit计算基因组大小

利用seqkit统计基因组大小 seqkit stat test.fa 结果如下： file      format  type  num_seqs      sum_len  min_len      avg_len     max_lentest.fa  FASTA   DNA        149  396,098,845   10,246  2,658,381.5  44,776,151 此外，我们在网易云课堂...

问题 在使用R语言read.table的时候，一直提示“'row.names'里不能有重复的名字”

使用的代码如下 rawdata=read.table(rawdata_file, header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE,row.names = 1) 文件大概是这个样子的，就是按照课程中的基因表达量提取的方法得到的文件 我知道他的意思好像是第一列有重复的数值，但总共有超过20000行...

文章 NCBI 蛋白数据库分库

... 17 MB and contains two columns:  the protein's gi  and taxid.#Divisions file (division.dmp):#       division id                             -- taxonomy database division id#       division cde                            -- GenBank division code (three characte...