NJ 树脚本报错

使用的脚本是来自于课程中的NJ_tree_phylip.py文件

整个命令为:

python ~/NJ_tree_phylip.py -i ~/gene_family_demo/03.gene_tree_analysis/pep_aligned_trimed.fa  -t prot -o ~/gene_family_demo/03.gene_tree_analysis -n NJ

报错为:os.rename('/'+args.outdir.strip()+'/outfile','/'+args.outdir.strip()+'/infile')

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '//work/gene_family_demo/03.gene_tree_analysis/outfile' -> '//work/gene_family_demo/03.gene_tree_analysis/infile'


请问如何解决?在使用本地mega建nj树几乎不可能的情况下,有什么建nj树的方法?
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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这个代码没有测试过,不一定能运行,数据量不大用mega也行的;

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  • A.C Ver2 提出于 2023-12-27 18:54

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