找到约 15 条结果

问题 微生物多样性分析课程:运行r脚本出错 ,提示there is no package called ‘getopt’

...txt       -n species_accumulation_curve   出错,提示: Error in library(getopt) : there is no package called ‘getopt’ Execution halted 请问老师,这个r脚本是需要调用getopt这个包?服务器里是安装有这个包的,该如何解决?谢谢!

问题 老师,转录组差异基因报错,求助,谢谢

...l_gene_fpkm.tsv -r J1 --fdr 0.05 --fc 2 -p J1_vs_J2 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Loading required package: ggplot2 Loading required package:...

文章 python运行单细胞umap报错

...ata, method="umap-learn") Error: Python shared library not found, Python bindings not loaded. 解决办法:重新编译python  :  ./configure --enable-shared --prefix=/share/work/biosoft/python/Python-v3.8.12 --enable-optimizations ./configure --enable-shared --enable-optimizations ...

问题 老师我想请问一下有关基因家族成员鉴定出来命名的问题,麻烦老师指导一下

...的问题,有文献上会说we named these identified genes according to their homologous genes in Arabidopsis 这句话意思是命名是根据自己研究的物种中的A基因家族成员与拟南芥中的A基因家族成员的同源性命名的吗?意思是与拟南芥中的A1...

问题 TCGAbiolinks GDCprepare使用问题 提示找不到文件?

在用TCGAbiolinks下载结肠癌RNAseq表达数据的时候,Rstudio代码如下: (Ubuntu 环境 Rstudio-server版本 ) library(TCGAbiolinks) query <-GDCquery(project = "TCGA-COAD", data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expr...

问题 在运行VirusDetect_v1.7时报错

Can't locate object method "link_pattern" via package "Bio::Graphics::FeatureFile" at /root/perl5/lib/perl5/Bio/Graphics/Panel.pm line 1259. [ERR IN CMD]:  /root/VirusDetect_v1.7/bin/virus_identify.pl --reference /root/VirusDetect_v1.7/databases/vrl_plant --word-size 11 --exp-value 1e-05 --exp-va...

文章 qiime自带的alpha_diversity.py脚本报错

.../python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/scikit_bio-0.2.3-py2.7-linux-x86_64.egg/skbio/diversity/alpha/_ace.py", line 70, in ace raise ValueError("The only rare OTUs are singletons, so the ACE " ValueError: The only rare OTUs are singletons, so the ACE metric is undefined. EstimateS su...

文章 论文“挑错”哪家强?中国学者64字diss柳叶刀论文,过于霸气!

...! 事情是这样的: 柳叶刀期刊上有一篇论文, 题为“Intravenous remifentanil patient-controlled analgesia versus intramuscular pethidine for pain relief in labour (RESPITE): an open-label, multicentre, randomised controlled trial” 文章内容就不细说了, 最后这...

文章 tcga_gene_exp_download.r TCGA数据下载脚本使用说明。

...85optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -p project, --project project                        input project ID of TCGA, for example TCGA-STAD,more                        project ID:https://www.omicsclass.com/article/1061       ...

文章 circos当中的颜色介绍

...字符来表示颜色,常见的:red, orange, yellow, green, blue, and purple等,可在这些颜色前面加上修饰,变换颜色的深浅:例如vvlred  表示:very very light version of red vvl{name} - very very light version of color vl{name} - very light l{name} - light {nam...

问题 泛基因组核心基因和可变基因长度比较core_pan_gene_compare.r报错

运行core_pan_gene_compare.r ,报错Error in contrasts<-(*tmp*, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels Calls: aov ... model.matrix.terms -> model.matrix.default -> contrasts<- Execution halted。我在泛基因组分类的...

文章 一些常见R代码的报错和解决办法

...: package ‘XYZ’ 1.2.3 is required by ‘somePackage’ but will not be installed R的生态系统包含大量的扩展包,这些包彼此之间可能有依赖关系。有时,一个包需要的依赖包版本与另一个包需要的版本不兼容,导致难以解决的版本冲突问题。...

文章 Python虚拟环境解决不兼容问题

...v?  安装Vitualenv 非常的简单,使用pip 安装即可: $ pip install virtualenv 3. 如何使用Virtualenv ?  # 创建虚拟环境 $ pwd /Users/zhangqiuxue # 查看一下当前的python $ which python /usr/bin/python # 创建工作目录,方便以后关联虚拟环境 $ mkdir...

问题 宏基因组单独组装后的contigs需要注明来源以构建基因丰度表,混合组装呢

for i in tail -n+2 $datafile/metadata_WRGB.txt|cut -f1 unmap;do sed -r "s/>([^ ]*)/>${i}_\1/g" $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_full.fa > $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa mv -f $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa $workdir/5.pred_cluster/pred_resul...

问题 单细胞测序数据分析#相同细胞不同处理之间差异B细胞差异时报错

执行此代码:Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds  $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindMarkers.deg.B  --group.by   "stim"   --ident.1 "stim"  --ident.2 "ctrl"    --subset.ident "B" \  --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25  后报错:Error...