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问题 mysql镜像启动问题

...，查看docker logs 显示： 2023-04-24 13:44:46+00:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.42-1.el7 started. 2023-04-24 13:44:46+00:00 [ERROR] [Entrypoint]: mysqld failed while attempting to check config command was: mysqld --verbose --help --log-bin-index=/tmp/tmp.TNVtI...

问题 关于图形泛基因组中的Minigraph-Cactus的问题。

请问一下Minigraph-Cactus的脚本中提到了，所生成的三种文件，其中 clip graph: This is the default graph. Stretches of sequence >10kb that were not aligned to the underlying SV/minigraph are removed. "Dangling" nodes (ie that don't have an edge on each side) that aren't on the ...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)

....tar #不同批量重命名文件，并连接到不同文件夹 ​for i in BSSR0022 UMM041L UMM059 UMM061 UMM062 UMM063 UMM064 UMM065 UMM066 UMM067L UMM069;do mkdir $i cd $i a=`ls ../*${i}_barcodes.tsv.gz `ln -sf $a barcodes.tsv.gz ; a=`ls ../*${i}_genes.tsv.gz` ln -sf $a featur...

文章 碰到奇葩审稿人怎么办？这位作者靠怒怼审稿人登上SCI期刊！

...的原文。 现在，这封邮件已经发表在了 Journal of Systems and Software 上， 这个期刊的影响因子虽然不高，但是在软件工程领域算是很不错的期刊， 而且，居然还被引用了两次。。。。 不知道这位作者惊不惊喜、意不意外。。...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

...，并且是10X的格式，这里批量把文件链接到文件夹 for i in `ls *mtx.gz|while read a;do b=${a#*_};echo ${b%-*};done`;do mkdir $i cd $i a=`ls ../*${i}-barcodes.tsv.gz` ln -sf $a barcodes.tsv.gz ; ln -sf ../GSE161529_features.tsv.gz features.tsv.gz ; a=`ls ../*${i}-matrix...

问题 重复序列注释geneID这一步

...ntig.split.hardmasked/seq${i}.fa > ${i}.out.gff”时，报错*** Error in `geneid': malloc(): memory corruption: 0x00000000024f61c0 *** ======= Backtrace: ========= /usr/lib64/libc.so.6(+0x82b36)[0x73e8f52b2b36] /usr/lib64/libc.so.6(__libc_calloc+0xb4)[0x73e8f52b6214] geneid[0x40b459] genei...

问题 我运行你在有道笔记中的GEO数据库分析遇到问题？

...多个entrezid的情况,这里处理一下 DEG_list_kegg <- c() for(i in degs$entrezid){   DEG_list_kegg<-c(DEG_list_kegg,eval(parse(text = i))) } 为什么这一步得出的DEG_list_kegg还是1487行？

文章 绘制HIC热图

...#################################################################### Paths and Settings  - Do not edit !#########################################################################TMP_DIR = tmpLOGS_DIR = logsBOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_resultsMAPC_OUTPUT = hic_resultsRAW_DIR = rawdata#################...

问题 老师,请问CGVIEW中的gene.blast文件格式

...谢谢！ 报错和blast文件如下： Cannot parse the #PROGRAM field in the BLAST results file ./YC_bacteria_cgview/blast.txt at ./scripts/cgview_xml_builder/cgview_xml_builder.pl line 4716, <INFILE> line 0.000000. #PROGRAMquery_id    match_id    match_description    %_identit...

文章 linux命令之AWK

...每一行进行处理，然后输出awk命令形式:awk [-F|-f|-v] ‘BEGIN{} //{command1; command2} END{}’ file [-F|-f|-v]   大参数，-F指定分隔符，-f调用脚本，-v定义变量 var=value'  '          引用代码块BEGIN   初始化代码块，在对每一行进行处理之...

问题 你好，想问一下在用wgcna分析时，导入后显示不允许有重复的row.names，请问这个问题怎么解决

> datTraits = allTraits[match(rownames(datExpr0),allTraits$tea),] > rownames(datTraits) =  datTraits[,1] Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 不允许有重复的'row.names' 此外: Warning message: non-unique values when setting 'row.names':

问题 重测序

...以运行，在sh里面怎么说找不到文件那。命令如下 for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do echo "RUN CMD: fastp --thread 50 --qualified_quality_phred 10 \    --unqualified_percent_limit 50 \    --n_base_limit 10 \    -i $datadir/${i}_1.fastq.gz \    -I $datadir/${i}_2....

问题 使用SummarizedExperiment包的assay提取miRNA数据的表达矩阵时报错是什么原因？

...GA-BRCA",                   data.category = "Transcriptome Profiling",                   data.type = "miRNA Expression Quantification",                    workflow.type = "BCGSC miRNA Profiling" barcode = TNBC_barcode) GDCdownload(query,method='api',files.per.chunk =...

文章 R 安装magick 报错

Error: package or namespace load failed for ‘magick’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):  unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/00LOCK-magick/00new/magick/libs/magick.so':   /share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/00LOCK-magick/00new/mag...

问题 老师，我在做基因家族鉴定，提取结构域序列，出现这样提示，请问怎么解决

Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2 /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2 .) at ...