eggNOG 注注释报near "WITHOUT": syntax error

eggnog-mapper 注释


File "/home/cxs3_z4/software/eggnog-mapper-2.1.0-1/eggnogmapper/annotation/db_sqlite.py", line 39, in init
curs.execute("PRAGMA synchronous=OFF;")
sqlite3.DatabaseError: malformed database schema (prots) - near "WITHOUT": syntax error
"""



解决办法,是centos7 系统中的sqlite 版本太低,需要单独安装sqlite3,并添加到环境变量中

I found solution for CentOS7 users.
Because CentOS7 users should install sqlite(>=3.8.2) from source, CentOS7 users need to set

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/path/to/sqlite3/lib
  • 发表于 2022-11-16 15:44
  • 阅读 ( 62 )
  • 分类:转录组

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
omicsgene
omicsgene

生物信息

579 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 579 文章
  2. 安生水 263 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. 生信老顽童 52 文章
  8. landy 37 文章