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问题 MCSCANX共线性图代码报错,看了其他提问和回答没能解决。

报错信息:Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197) at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334) 有看到相同的问题,于是检查了自己文件内容格式及路径 AT.gff  以及 AT...

文章 菠萝WRKY基因家族分析

...到基因家族分析当中的基因加倍和复制现象,也就是:tandem duplication和segmental duplication的区别与联系,关于这个问题的解答,我已经在我们组学大讲堂问答网站上进行了详细回答,感兴趣的可以到 www.omicsclass.com 网站上搜索关键...

问题 我在文献中读到这么一段话,是关于某一基因家族在某植物各个组织器官中表达的,请老师帮我看看这是怎么做的

...tabase(TFGD). ten different tissues were selected: root, leaf, bud, flower and so on .RPKM values were log2-transformed. 这是描述做植物各个组织器官各基因的表达量的,请问这是怎么做的?

文章 绘制类似于箱线图的散点图

...2)library('getopt');spec = matrix(c('help' , 'h', 0, "logical","for help",'input1' , 'i', 1, "character","input the abuance of tax in each sample ,required",'input2' , 's', 1, "character","input the abuance of tax in each sample ,required",#'row' , 'r' , 1 , "character","row name,required",'name' , ...

问题 运行代码的时候出错,我确认文件都存在,报错代码如下所示

...     -o compare_errorbar --prefix low_vs_high_L6 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Failed to create bus connection: No such file or directory ...

文章 GOChord_plot.r GOplot包绘制GO弦图

...e/1532 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -g GO_DATA, --GO_data GO_DATA input a GO enrichment analysis data,the data with columns for 'category','ID','term',adjusted p-value('adj_pval'...

问题 重测序中SNP分析

...arkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" Rscript $scriptdir/var_density.R -i indel.unknown_multianno.vcf  -b 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "INDEL Density" 无法生成图例,而且只生成了pdf文件,没有jpg文件,报错提示如下:--> Q&A for bioinformatics, please visit ...

问题 重测序中SNP分析

...arkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" Rscript $scriptdir/var_density.R -i indel.unknown_multianno.vcf  -b 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "INDEL Density" 无法生成图例,而且只生成了pdf文件,没有jpg文件,报错提示如下:--> Q&A for bioinformatics, please visit ...

问题 生存分析datExpr数据的bcr_patient_barcode列是 . 号分隔,后续报错

...达量信息############################################################clin <- clin[clin_info$bcr_patient_barcode %in% datExpr$bcr_patient_barcode,]exprSet<-merge(clin_info,datExpr,by.x="bcr_patient_barcode",by.y="bcr_patient_barcode") 的时候clin和exprSet都会显示0 obs

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 计算育种值与GWAS表型性状数据整合

GWAS关联分析课程推荐:https://bdtcd.xet.tech/s/2KgXQq  Best Liner Unbiased Prediction  最佳线性无偏估计 育种值既然重要,计算育种值的方法要配套,最好的方法目前就是BLUP。 BLUP是一种数据分析方法,用的是线性模型方程组,采用...

文章 eggNOG 注注释报near "WITHOUT": syntax error

..._z4/software/eggnog-mapper-2.1.0-1/eggnogmapper/annotation/db_sqlite.py", line 39, in initcurs.execute("PRAGMA synchronous=OFF;")sqlite3.DatabaseError: malformed database schema (prots) - near "WITHOUT": syntax error""" 解决办法,是centos7 系统中的sqlite 版本太低,需要单独...

文章 awk统计文件某列中某关键词出现次数

...我们需要统计文件的某列中某些词出现的次数,可以在Linux下使用sort | uniq -c,那用awk怎么操作呢? 示例文件test.txt a 00 b 01 c 00 d 02 1、统计文件test.txt中第2列不同值出现的次数 awk '{sum[$2]+=1}END{for(i in sum)print i"\t"sum[i]}' test.txt ...

文章 merge_tsv_files.r 根据共有ID横向合并表格文件

...esoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input [input ...], --input input [input ...]                        input gct format file [required]  -b by [by ...], --by by [by ...]                        character vector of variable...

问题 mysql镜像启动问题

...,查看docker logs 显示: 2023-04-24 13:44:46+00:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.42-1.el7 started. 2023-04-24 13:44:46+00:00 [ERROR] [Entrypoint]: mysqld failed while attempting to check config command was: mysqld --verbose --help --log-bin-index=/tmp/tmp.TNVtI...

文章 Python中运行时出现SyntaxError报错

在Python中运行时出现 SyntaxError: Non-ASCII character ‘\xe9’ in file 异常……   经过查询找到原因:Python的默认编码文件是用的ASCII码,你将文件存成了UTF-8也没用。 解决办法很简单: 只要在文件开头加入 # -- coding: UTF-8 -- 或者 #co...