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文章 噬菌体表面展示技术原理及四大分类详解

... 蛋白分子量为42 kDa,分布在噬菌体颗粒的一端。一般一噬菌体有3-5拷贝的pⅢ 蛋白,可在N端的柔性连接区插入外源蛋白或者多肽。pⅢ 系统的主要优点是对展示的外源蛋白大小无严格的要求,该系统可以用来展示分子量较大...

文章 绘制Upset 图

...交集的图表,是传统维恩图的替代方法,特别适用于集合数多或交集关系复杂的场景。它通过柱状图、点图和辅助条形图来直观展示集合交集的大小及分布。 1.Upset 图的结构 主交集柱状图:显示每种交集的大小。 X 轴:表...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(GSE161529)

数据介绍: 来自谷歌翻译: 这项研究展示了近 430,000 细胞的单细胞转录组图谱,涵盖不同激素阶段的正常乳腺、肿瘤前 BRCA1+/- 组织、乳腺癌的主要临床亚型以及匹配的肿瘤对和涉及的腋窝淋巴结。根据绝经状态对正常组织...

文章 基因组中的字符都代表什么

...............A or C or G N.................any base . or -............gap 氨基酸都有了,怎么能少了蛋白质! Protein: Amino Acid Code: Three letter Code: Amino Acid: ---------------- ------------------ ----------- A.................Ala.................Alanine(丙氨...

文章 PASA 记录

PASA是我们进行基因结构预测的时候常用的软件,其最早是开发用于拟南芥的基因结构注释,目前在动植物的注释中被广泛应用。 一、PASA使用准备文件: 1. genome.softmasked.fa # 软掩码之后的基因组2. all_transcripts.fasta  # 有参、无...

文章 微生物多样性alpha分析看不明白?看这里!

在微生物多样性分析的报告中主要包括五部分:Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析,其中Alpha多样性分析是生态学中生物多样性的一重要的组成部分,也是比较基础的一部分。Alpha多...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)

...要差异,我们对来自 28 名 MMRp 和 34 名 MMRd 患者的 371,223 肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。无监督分析确定了来自 7 不同细胞谱系的 88 细胞亚群,以及 204 基因表达程序的相关概要。对这些程序的检查揭示了广...

问题 基因结构变异和表达量的分析

... 对输入文件有进行去重复,仍然报错,我的输入文件有7样本,不知道是否需要调整r代码?

文章 如何从GWAS结果中获取表型解释率PVE——TASSEL、GEMMA篇

...变异解释率,即等位变异可以在多大程度上影响表型,这SNP解释了表型方差的百分之多少。在数量性状的GWAS 研究里经常会看到。 二、如何从GWAS结果中获取解释率PVE gwas关联分析可以使用很多软件,也可以计算各种模型。...

文章 ggalluvial 展示ceRNA调控关系

为了更好地了解lncRNAs与HCC中miRNA结合介导的mRNAs的影响,作者基于上述数据构建了一ceRNA网络,并使用ggalluvial R软件包来显示网络。作者基于miRDB,miRTarBase和TargetScan数据库综合分析,最后使用26DElncRNA,4DEmiRNA和6DEmRNA来建...

文章 一文教你绘制九象限图

...图? 九象限图通过将两组变量分别划分为高、中、低三水平(通常基于均值或中位数),从而将样本点分布在九象限中。这些象限的分布模式能够提示变量之间的潜在关系。 象限含义: 右上象限(高-高):两变量均...

问题 ls ../data/*.fa. |sed -e "s/.fa.//g" -e "s#../data/##g" > ../id.txt执行这条命令的时候,未能得到id.txt文件;2.想问一下:每次关掉putty的时候,都需要重新dockers run进入吗?3.软连接之后发现01.data prepare里面有玉米的数据了如何删除此01.data prepare?4.现在发现需要上传id.txt文件,将11样本名输到txt文件里面,通过filezilla上传到data,再进行docker run?

文章 序列的提取和截取

...础操作,在许多分析中都会使用到。在这里给大家提供几提取序列的命令。 1. seqkit 使用 seqkit subseq 通过指定区域提取序列 -r 通过区域来截取序列,提取 in.fa 前12字符,可以用--chr指定染色体seqkit subseq -r 1:12 data/in.fa  >...

文章 Perl正则表达式

...一定的相似之处,因此如果学习过相关正则表达式的话这不会很难。 参考百度文库:https://wenku.baidu.com/view/baa401f5dd88d0d233d46ab5.html 正则表达式的三种形式     首先我们应该知道Perl程序中,正则表达式有三种存在形式,他们...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)

...要差异,我们对来自 28 名 MMRp 和 34 名 MMRd 患者的 371,223 肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。无监督分析确定了来自 7 不同细胞谱系的 88 细胞亚群,以及 204 基因表达程序的相关概要。对这些程序的检查揭示了广...