...分。 本篇文章讲解一篇文献：利用外显子测序技术在一个近亲结婚家庭中发现基因MCM8第5个外显子上c.446C>G隐性突变，导致该基因失活，从而导致卵巢早衰；并通过Sanger测序验证该家系其他成员有卵巢早衰症的亲属都带有此突...
使用方法 $ Rscript $scriptdir/immune_box_plot.r -husage: immune_box_plot.r [-h] -i filepath -m filepath -g group [-b groupby] ...
...控制搜索的灵敏度 -b：设定输出文件中，最多显示多少个query-subject两两比对文本描述，默认值 为250 -v：设定输出文件中，匹配列表最多显示多少个subject，默认值为500 -m：设定搜索结果的显示格式，m参数的选项有12个(通常用-m...
...交集的图表，是传统维恩图的替代方法，特别适用于集合个数多或交集关系复杂的场景。它通过柱状图、点图和辅助条形图来直观展示集合交集的大小及分布。 1.Upset 图的结构 主交集柱状图：显示每种交集的大小。 X 轴：表...
数据介绍： 来自谷歌翻译： 这项研究展示了近 430,000 个细胞的单细胞转录组图谱，涵盖不同激素阶段的正常乳腺、肿瘤前 BRCA1+/- 组织、乳腺癌的主要临床亚型以及匹配的肿瘤对和涉及的腋窝淋巴结。根据绝经状态对正常组织...
... 蛋白分子量为42 kDa，分布在噬菌体颗粒的一端。一般一个噬菌体有3-5个拷贝的pⅢ 蛋白，可在N端的柔性连接区插入外源蛋白或者多肽。pⅢ 系统的主要优点是对展示的外源蛋白大小无严格的要求，该系统可以用来展示分子量较大...
...............A or C or G N.................any base . or -............gap 氨基酸都有了，怎么能少了蛋白质！ Protein: Amino Acid Code: Three letter Code: Amino Acid: ---------------- ------------------ ----------- A.................Ala.................Alanine(丙氨...
PASA是我们进行基因结构预测的时候常用的软件，其最早是开发用于拟南芥的基因结构注释，目前在动植物的注释中被广泛应用。 一、PASA使用准备文件： 1. genome.softmasked.fa # 软掩码之后的基因组2. all_transcripts.fasta # 有参、无...
我个人的设备：CPU 2*40， 内存64G. docker设置 CPU40，内存54G docker run -it -m 50G --cpus 35 --rm -v D:/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 然后跑 ### 物种注释 16S/18S #全长作为分类数据库： qiime feature-classifier classify-sklearn \ --i-classifi...
...要差异，我们对来自 28 名 MMRp 和 34 名 MMRd 患者的 371,223 个肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。无监督分析确定了来自 7 个不同细胞谱系的 88 个细胞亚群，以及 204 个基因表达程序的相关概要。对这些程序的检查揭示了广...
... 对输入文件有进行去重复，仍然报错，我的输入文件有7个样本，不知道是否需要调整r代码？
...变异解释率，即等位变异可以在多大程度上影响表型，这个SNP解释了表型方差的百分之多少。在数量性状的GWAS 研究里经常会看到。 二、如何从GWAS结果中获取解释率PVE gwas关联分析可以使用很多软件，也可以计算各种模型。...
为了更好地了解lncRNAs与HCC中miRNA结合介导的mRNAs的影响，作者基于上述数据构建了一个ceRNA网络，并使用ggalluvial R软件包来显示网络。作者基于miRDB，miRTarBase和TargetScan数据库综合分析，最后使用26个DElncRNA，4个DEmiRNA和6个DEmRNA来建...
...图？ 九象限图通过将两组变量分别划分为高、中、低三个水平（通常基于均值或中位数），从而将样本点分布在九个象限中。这些象限的分布模式能够提示变量之间的潜在关系。 象限含义： 右上象限（高-高）：两个变量均...
在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，其中Alpha多样性分析是生态学中生物多样性的一个重要的组成部分，也是比较基础的一部分。Alpha多...