单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)

单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)

数据介绍:

来自谷歌翻译:

对癌症的免疫反应变化很大,特别是与错配修复缺陷(MMRd)的结直肠癌肿瘤相比,错配修复良好的肿瘤表现出免疫细胞的存在和活性升高。为了了解免疫反应模式以及这些类型结直肠癌之间的主要差异,我们对来自 28 名 MMRp 和 34 名 MMRd 患者的 371,223 个肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。无监督分析确定了来自 7 个不同细胞谱系的 88 个细胞亚群,以及 204 个基因表达程序的相关概要。对这些程序的检查揭示了广泛的转录和空间重编程,这是 MMRd 和 MMRp 肿瘤的特征。

数据下载地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE178341


attachments-2024-06-wSvEJdk5667d007551e24.png

数据下载:

wget -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE178nnn/GSE178341/suppl/GSE178341%5Fcrc10x%5Ffull%5Fc295v4%5Fsubmit.h5" -O GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit.h5

wget -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE178nnn/GSE178341/suppl/GSE178341%5Fcrc10x%5Ffull%5Fc295v4%5Fsubmit%5Fcluster.csv.gz" -O GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_cluster.csv.gz

wget -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE178nnn/GSE178341/suppl/GSE178341%5Fcrc10x%5Ffull%5Fc295v4%5Fsubmit%5Fmetatables.csv.gz" -O GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_metatables.csv.gz

#合并数据

Rscript $scripts/merge_tsv_files.r -i GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_metatables.csv.gz GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_cluster.csv.gz --sep "," -b cellID sampleID -p metadata

zcat metadata.tsv.gz|awk 'NR==1|| $2=="T"'|gzip - >metadata.T.tsv.gz


数据分析:

这次的数据是​ h5 格式的也可以直接读入:​

Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r  --h5   GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit.h5 \
  --project CRC_GSE178341  \
  --nUMI.min 500 \
  --nUMI.max 200000 \
  --nGene.min 250 \
  --mito.gene.pattern "^MT.*-" \
  --percent_mito 50 \
  --log10GenesPerUMI 0.7 \
  -o 01.qc -p GSE178341  --metadata metadata.T.tsv.gz
Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds 01.qc/GSE178341.afterQC.rds  \
 -p GSE178341  --resolution 0.5  -d 30 -o 02.cluster \
  --high.variable.genes 2000


分析结果:


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  • 发表于 2024-06-27 14:03
  • 阅读 ( 147 )
  • 分类:转录组

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