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文章 染色体挂载：LACHESIS 安装

export LACHESIS_BOOST_DIR= export LACHESIS_SAMTOOLS_DIR=/share/work/biosoft/samtools/samtools-0.1.19/ ./configure --prefix=/share/work/biosoft/LACHESIS/ --with-samtools=/share/work/biosoft/samtools/samtools-0.1.19/  --with-boost=/share/work/biosoft/boost/boost.1.57 #报错： SAMStepper...

问题 GEOquery 下载不了数据

...但是原代码上的数据集是可以下载的。错误提示如下：Error in readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) : 无法打开链结 此外: Warning message: In readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) :   无法打开压缩文件'GSE112093_eSet.Rdata'，可能是因为'No such file or directory' ...

问题 构建自己的富集数据库报错

... library(biomaRt) hub <- AnnotationHub::AnnotationHub() query(hub, "Ovis") sheep<-hub[["AH85595"]] length(keys(sheep)) columns(sheep) head(sheep) library(clusterProfiler) > enrich.go<-enrichGO(gene=down_gene, +                      OrgDb="sheep", +            ...

问题 植物线粒体组装unicycler软件里的spades报错

...unicycler软件时报错，报错信息如下 == Error ==  system call for: "['/share/work/biosoft/SPAdes/SPAdes-3.15.4-Linux/bin/spades-core', '/work/my_mt/01.plant_assemble/21.mapped_reads/22.unicycler/spades_assembly/K27/configs/config.info', '/work/my_mt/01.plant_assemble/21.mapped_reads/22.un...

问题 三代纠错软件lordec安装问题

我在安装lordec时报如下错误： Install the project... -- Install configuration: "" -- Installing: /usr/local/HDF_Group/HDF5/1.8.18/examples CMake Error at cmake_install.cmake:41 (file):   file INSTALL cannot make directory   "/usr/local/HDF_Group/HDF5/1.8.18/examples": No such file ...

文章 使用GATK call SNP有必要IndelRealigner吗？

...lRealigner，但是最近GATK官网说明如果用最新的HaplotypeCaller or MuTect2 Call  SNP的时候就不必再用这种方法处理bam文件，链接地址及说明如下：https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/3.8-0/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_indels_Indel...

文章 ssh 其他节点时：

ssh 其他节点时：Warning: untrusted X11 forwarding setup failed: xauth key data not generatedWarning: No xauth data; using fake authentication data for X11 forwarding.解决办法：修改 /etc/ssh/ssh_config 文件，在最后加入 ForwardX11Trusted yes （加入各个节点，并将头结...

问题 提取蛋白编号信息

...::SeqIO;use Bio::Seq;my$in = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[1]" , -format => 'Fasta');my$out = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[2]" , -format => 'Fasta');my%keep=();open IN, "$ARGV[0]" or die "$!";while(<IN>){chomp;next if /^#/;my@tmp=split(/\s+/);$keep{"$tmp[1].1"}=1;}close(...

文章 maftools|突变数据可视化-瀑布图绘制及脚本使用

...r Nucleic Acids上的文章《m6A-related lncRNAs are potential biomarkers for predicting prognoses and immune responses in patients with LUAD》（IF=8.89），作者采用TCGA的体细胞突变数据通过绘制瀑布图来直观展示生存预后高低风险组之间的突变差异。 突变...

文章 阿里云短信发送API笔记

... aliyunsdkcore.http import method_type as MTfrom aliyunsdkcore.http import format_type as FTimport constimport os, argparse, glob, os.path,time,re"""短信业务调用接口示例，版本号：v20170525Created on 2017-06-12"""try:    reload(sys)    sys.setdefaultencoding('utf8')except NameError...

文章 TCGA数据分析机构及编码汇总 Center

...心 5 jhu-usc.edu CGCC Johns Hopkins / University of Southern California JHU_USC 约翰霍普金斯大学/南加州大学 6 hudsonalpha.org CGCC HudsonAlpha Institute for Biotechnology HAIB 哈德逊阿尔法生物技术研究所 7 unc.edu CGCC University of North Caroli...

文章 pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息）

...was specifiedgtable a gtable object containing the heatmap, can be used for combining the heatmap with other plots 根据以上的解释，可以知道pheatmap返回的对象是列表，其中包含了多个聚类的结果，其中一个组成结果为行聚类结果，对应的是行基于hclus...

问题 如何将基因组序列里的简并碱基变成N或者保留其中一种? 脚本是啥？

在进行批量indel标记设计的时候，出现如下错误，[ERRO] illegal DNA/RNA/Protein sequence: 248, you may switch on -d/--degenerate or -r/--use-regexp 原因好像是因为基因组序列里有简并碱基，所以怎么处理，使能够正常设计引物

文章 linux解压打包命令大全 tar gzip rar 等等

...jpg.tar.Z rar a jpg.rar *.jpg //rar格式的压缩，需要先下载rar for linux zip jpg.zip *.jpg //zip格式的压缩，需要先下载zip for linux 解压 tar -xvf file.tar //解压 tar包 tar -xzvf file.tar.gz //解压tar.gz tar -xjvf file.tar.bz2 //解压 tar.bz2 tar -xZvf file.tar.Z //...

问题 在用tassel对vcf进行sort时报的错，有哪位大佬知道怎么操作吗

在用tassel对vcf进行sort时报的错，有哪位大佬知道怎么操作吗 ERROR net.maizegenetics.plugindef.ThreadedPluginListener - Out of Memory: SortGenotypeFilePlugin could not complete task: Current Max Heap Size: 29809 Mb Use -Xmx option in start_tassel.pl or start_tassel.bat to increas...