找到约 15 条结果

问题 hmmsearch 关于参数--cut_tc设置

...C2H2类的转录因子时，我先使用命令：hmmsearch --domtblout C2H2_hmm_out.txt --cut_tc PF00096.hmm pep.fa搜索，其次用已经功能鉴定的拟南芥和番茄的同源序列做blast，两者得到的结果没有交集。我发现在删除参数--cut_tc后得到的hmmer结果与blast结...

文章 Python中的Tkinter库报错

Tkinter绘图需要借助图形界面，否则会报如下的错误_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable 一个可能的解决方案是在matplotlib中使用"Agg"后端，它可以在没有显示设备的情况下生成图形 import matplotlibmatplotlib.use('Agg'...

问题 第一步文件导入qiime2一直出错，按照视频设置好

There was a problem importing /work/my_amplicon/A/manifest.ckd.txt:   /work/my_amplicon/A/manifest.ckd.txt is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 1 and column "forward-absolute-filepath" could not be found ($datadir/SRR7441413_1.fastq) for sample "SRR7441413".

问题 LD衰减分析

...ecay -InVCF  $workdir/00.filter/clean.vcf.gz \         -SubPop  ${i}_popid.txt -MaxDist 500 -OutStat ${i}.stat     Plot_OnePop.pl -inFile ${i}.stat.gz -output ${i}.ld。请问具体分析中是使用all.varFilter.vcf.gz文件还是clean.vcf.gz ？同样使用示例的水稻的数据进行...

文章 TCGA SNV 体细胞突变下载

...安装#############################################################package_list <- c("TCGAbiolinks","tidyverse","maftools")for(p in package_list){  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){    if (!requireNamespace("Bioc...

文章 基因家族docker 镜像使用方法

...#wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-41/fasta/arabidopsis_thaliana/dna/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz#wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-41/fasta/arabidopsis_thaliana/cds/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.all.fa.gz#wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pu...

问题 转录组自主分析map出现问题

...，产生的sam文件为空，summary文件信息为： Error reading _rstarts[] array: 1010748, 1017096Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)Command: /biosoft/hisat2-2.1.0/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 1 --rg-id=SRR5710698 --rg SM:SRR5710698 --rg LB:SRR5710698...

文章 将perl模块配置到环境变量中

...io::Pfam::Scan::PfamScan 参考文章： https://blog.csdn.net/weixin_43960055/article/details/115019310

问题 进行阿尔法多样性分析是报错

for i in  goods_coverage  observed_species PD_whole_tree  shannon simpson;do        alpha_compare_stat.r -i alpha_div_index.txt --index $i \             --group Group -f $fastmap -o alpha_diversity_stat         alpha_compare_plot.r -i alpha_div_index.txt -I $i -f $fastmap   \ ...

文章 perl对文件夹处理

...| die "can not open the $filename.bakn";while (<FILE>){print  OUT "$_";}}

问题 从结构变异注释文件中提取WRKY基因结构变异信息

...构变异注释文件中提取WRKY基因结构变异信息 grep -f ${ref}_gene_without_lable.list All.variant_function > All.final.sv.out 我拿到的vcf是我研究的基因家族的vcf文件，按理说我拿到的All.variant_function（434行）已经是这个基因家族的结构变异信...

问题 mcscanx分析 family_circle_plotter 绘图时生成的图片残缺

... 最后生成的图： 图上染色体有重合，残缺。 用detect _collinearity_within_gene_failies.pl分析连线时，生成的文件里有结果。

问题 在singuarity使用gatk时调用不了HaplotypeCalle指令

...f gatk --java-options HaplotypeCaller -R /public/home/wangyongsheng/PepsiCo_OT3098_V2_panoat_nomenclature.fasta \ -I /public/home/wangyongsheng/oats/text/picard-bam/${i}.sorted.dedup.bam \ -O /public/home/wangyongsheng/oats/text/gvcf/${i}.g.vcf.gz --max-alternate-alleles 6  --sample-ploidy 2 \ ...

问题 预测基因家族成员的顺式作用元件，提取启动子序列失败

...示。请老师解答，谢谢。 manager@bl8vbox[share1] perl script/get_gene_weizhi.pl -in1 gene_id.txt -in1 MedtrA17_4.0.41.gff3 -out gene_weizhi.txt usage: perl test1.pl -in1  gene_id.txt -in2  genome.gff3  -out gene_location.txt %  

文章 TCGA临床信息如何正确的保存格式

...如，采用星号（*）去分割。 # 将数据保存到文件 clinical_file <- paste0(DataDirectory, "_","clinical",".txt") write.table(clinical, file = clinical_file, row.names = F, col.names=T,quote = T,sep='*',na = "NA") 之后打开excel 时，对数据进行分列，同样选用星号...