从结构变异注释文件中提取WRKY基因结构变异信息

老师,我正在泛基因家族分析中结构变异基因注释最后一步,#从结构变异注释文件中提取WRKY基因结构变异信息

grep -f ${ref}_gene_without_lable.list All.variant_function > All.final.sv.out

我拿到的vcf是我研究的基因家族的vcf文件,按理说我拿到的All.variant_function(434行)已经是这个基因家族的结构变异信息吧?是不是不需要做最后一步,然后我按照老师的步骤,做了最后一步,得到的All.final.sv.out只有214行?有问题吗?

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1 个回答

同学,我没有分析你的数据哈,具体情况我不是很清楚,你是自己跑的结构变异注释吗?如果你只用了一个参考基因组构建的注释信息库,你需要通过最后一步把对应家族编号的基因(在参考基因组中)提取出来。如果你是直接从作者那里获取到的结构变异注释结果,可能你需要问问作者相关的信息

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