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文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...准备好输入文件后，就可以进行共线性搜索了。首先要将工作目录切换到输入文件所在目录，然后运行如下命令： $ python -m jcvi.compara.catalog ortholog grape peach 20:33:42 [base] lastdb peach peach.cds 20:34:13 [base] lastal -u 0 -P 64 -i3G -f BlastTab pe...

文章 数据分析代码2__用法

...以看一下，具体代码见文章 https://www.omicsclass.com/article/2329

文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

...tq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz  --trim_front1  15  --trim_front2 15  --correction --thread 8 参数： --in1    read1输入文件 --o...

文章 外源插入流程报错运行不了

...  Zea_mays.dna.toplevel.fa   adapter.fa  506DNA_1.clean.fq.gz  506DNA_2.clean.fq.gz/share/work/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/Bio/__init__.py:128: BiopythonWarning: You may be importing Biopython from inside the source tree. This is bad practice and m...

问题 omicsclass/pan-genome:v1.1镜像OrthoFinder.py报错

运行动植物泛基因组教程02.gene_family.sh命令如下：orthofinder.py -f pep \ -S diamond \ -M msa \ -A muscle \ -T fasttree \ -t 10 \ -a 2 报错如下：Best outgroup(s) for species tree---------------------------------2024-11-15 10:50:56 : Starting STRIDEERROR: Species tree inf...

问题 最新qiime2教程16S注释报错

...位大佬/老师该如何解决呢？ /biosoft/miniconda/envs/ampliseq-q2/lib/python3.8/site-packages/sklearn/metrics/pairwise.py:1776: DataConversionWarning: Data was converted to boolean for metric jaccard   warnings.warn(msg, DataConversionWarning) /biosoft/miniconda/envs/ampliseq-q2/lib/py...

文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

...astq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz --disable_adapter_trimming --trim_tail1 100 --thread 4 参数： --in1    read1输入文件 --out1   ...

文章 预测miRNA前体

...-p Rhi_hairpin.fa -m Rhi_mature.fa  -r Total_reads_collapsed.fa -y now -g 2 -W -T 10 -d -P #结果文件miRNAs_expressed_all_samples_time.csv #norm是CPM，seq是count，同一个miRNA可能来源于不同的precursor #miRNA  read_count      precursor       total   seq     seq(norm)...

文章 预测miRNA前体

...-p Rhi_hairpin.fa -m Rhi_mature.fa  -r Total_reads_collapsed.fa -y now -g 2 -W -T 10 -d -P #结果文件miRNAs_expressed_all_samples_time.csv #norm是CPM，seq是count，同一个miRNA可能来源于不同的precursor #miRNA  read_count      precursor       total   seq     seq(norm)...

文章 IF=8.5|一千多个酵母基因组分析揭示基因家族进化的独特轨迹

...置。 5. 绘制酵母基因家族收缩扩张进化树图，呈现基因净丢失的总体趋势 为了探究在 CAFE 分析中，每个酵母目中经历显著收缩或扩张的基因家族的进化趋势，作者计算了这些基因家族的净变化（所有分支的净增加或减少）。...

文章 Linux join命令合并文件

...列为姓名，第二列为数额  Linux 85  test 30  $ cat testfile_2 #testfile_2文件中的内容  Hello 2005       #例如，本例中第一列为姓名，第二列为年份  Linux 2009  test 2006  然后使用join命令，将两个文件连接，结果如下： ...

文章 NCBI下载的10X单细胞数据只有read1和read2如何读入cellranger

...astq.gz # 其中Read Type# I1: Sample index read (optional)# R1: Read 1# R2: Read 2 NCBI下载的数据，为双端reads，不符合cellranger mkfastq出来的命名规则，后续cellranger count 无法读入，因此我们要按上述命名规则重新命名文件： 重新命名： ln -s DR...

文章 绘制HIC热图

...制。 一.运行HiC-Pro 文件准备： 1.准备index文件 bowtie2-build  genome.final.fa genome.final 2.准备annotation文件 要有两个：  第一个是bed文件，通过软件包里面HiC-Pro-3.1.0/bin/utils/digest_genome.py脚本生成。 digest_genome.py  -r  mboi -o  genome...

文章 如何运用项目管理思维制定工作计划?

...执行、监控、收尾五个阶段；那么同样的，我们也可以把工作计划当做一个项目来进行管理。 工作计划的启动阶段，要想清楚想做什么、怎么做等这些问题，这个时候建议大家使用5W2H原则，以思维导图的形式将5个W和2个H写出...

文章 安装gdal报错

...： sudo yum install gdal gdal-devel Last metadata expiration check: 3:25:35 ago on Tue 13 Jun 2023 07:28:50 AM CST.Error: Problem 1: package gdal-libs-3.4.0-2.el9.x86_64 requires libarmadillo.so.10()(64bit), but none of the providers can be installed  - package gdal-3.4.0-2.el9.x86_64 require...