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文章 外源插入流程报错运行不了

使用aimhii跑外源插入时报以下错误： #python aimhii -r bwa.fa --maxgap  5000 --outfile results.csv --fqtype illumina --threads 10  -t aimhii_output --plot readplot  Zea_mays.dna.toplevel.fa   adapter.fa  506DNA_1.clean.fq.gz  506DNA_2.clean.fq.gz/share/work/biosoft/pyth...

文章 外显子测序解析卵巢早衰的遗传因素

...14G的数据，详情见下表： 变异检测 测序后的数据利用BWA version 0.7.3a MEM比对到人类参考基因组上（GRCh37/hg 19），利用GATK的HaplotypeCaller方法进行变异检测，并对变异信息进行过滤，去掉不可靠的变异。然后利用ANNOVAR软件对变异...

文章 linux下samtools安装指南

...组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，而重测序中BWA、bowtie等比对软件则主要输出为.sam文件。 samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具软件，能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的fla...

文章 为什么做生物信息分析需要学会linux

...根本就没法用，在二代测序领域的分析软件尤为如此，像bwa，tophat等比对软件，组装软件等等在windows上就不能用；再有就是由于生物数据量越来越大，随便测个转录组都是上G数据，所以几十G甚至上T的数据都是家常便饭，对处...

文章 外显子测序发现遗传性NK/T细胞淋巴瘤癌与FAM160A1基因突变相关

...序，测序结果见下表： 数据分析 测序后的数据采用bwa 软件中的mem方法比对到人类参考基因组 GRCh37 (hg19)上，经过samtools去除PCR重复之后用GATK软件进行变异检测。共检测出3.03M的变异位点信息，其中只有484385个变异信息在四...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...）等。对于大规模基因组比对，一些优化的算法如Bowtie、BWA、minimap2等更为常用。 3.比对执行： 使用选择的比对算法将两个或多个基因组的序列进行比对。这通常涉及将一个基因组的序列（查询序列）与另一个基因组的序列（...

文章 快速了解转录调控家族的新贵-circRNAs

...的重点，我们先来看一下它的流程图（E）： 首先把bwa比对产生的所有bam文件合并，经过第一步筛选：还有PCC（paired chiastic clipping）信号和PEM（paired-end mapping）信号的junction reads留下；然后在使用AT-AG原则筛选（GT-AG法则：真...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...）等。对于大规模基因组比对，一些优化的算法如Bowtie、BWA、minimap2等更为常用。3.比对执行： 使用选择的比对算法将两个或多个基因组的序列进行比对。这通常涉及将一个基因组的序列（查询序列）与另一个基因组的序列（参...

文章 遗传进化英文方法参考

...adapter. The cleaned data were aligned on to the reference genome  using BWA-MEM (0.7.10-r789) with default parameters[1], SAMTOOLS  was used to sort and index the resulting Binary Alignment Map (BAM) format files[2]. Mark duplicates in Picard tools(v1.102) (http://broadinstitute.github.io/picar...

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

...             0                  omicsclass/bwa                 BWA v0.7.17 build by omicsclass                 0                  omicsclass/blastall            legacy blastall v2.2.26       ...

文章 Minimap2安装与使用

...信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比，Minimap2可以用于三代测序， 也支持 splicing awared 比对；与一些传统三代比对工具相比，Minimap2 速度非常快，而且用法简单，比对结果比较不错，可谓是三代序列处...

文章 全面解读第四代基因测序技术

...现其显著提高了比对的准确性。由于MarginAlign是基于LAST或BWA mem的比对结果进行优化，结果的最终准确性依赖最初的比对结果。 GraphMap是另一个用于MinION测序数据比对的软件。它利用的是一种启发式（heuristics）方法，对高错误率...

文章 docker虚拟化技术及其在生物信息数据分析中的应用（linux）

...含一个完整的 centos 操作系统环境，并安装了 samtools和 bwa 服务器。注意的是，镜像是只读的。这一点也很好理解，就像我们刻录的系统盘其实也是可读的。我们可以使用 docker images 来查看本地镜像列表。 Docker 的容器(Container)...