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文章 awk筛选差异基因

...选条件：log2fc的绝对值大于1，FDR<0.05 命令： awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print $0; else {abs_log2fc=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2fc>=1 && $3<0.05) print $0;}}' de_gene.txt $2代表的是第二列的log2fc,你的文件的log2fc在哪一列就用$第几列...

文章 最新研究：爱笑的人，论文质量一般不会太差......

...改变这个看法。 这篇论文发表在《积极心理学杂志》(The Journal of PositivePsychology)上， 作者是波兰波兹南密茨凯维奇大学的Lukasz D. Kaczmarek等人， 有兴趣的朋友可以自己去看看。 论文大致的实验设计是这样的： 研究人员从科...

文章 GEO、TCGA多数据库联合挖掘胰腺导管腺癌预后关键基因

...于yellow模块所有基因获取了一个蛋白质互作网络(80 nodes and 930 edges，见上图B)，从中选择出连接点数超过23的所有基因，一共涉及了42个基因，其中和基于模块和性状分析筛选的42个基因的重合有36个，该部分基因将作为候选进一步...

文章 NCBI批量下载数据,省时又省力

...tide',default = 'nucleotide',required=False)parser.add_argument('-r','--rettype',help='return type fasta or gb default gb',default = "gb",required=False)parser.add_argument('-o','--out_dir',help='Please input  out_put directory path',default = os.getcwd(),required=False)parser.add_argument('-n','--...

问题 hmmer搜索结构域

...提取 #结构域位置 grep -v '#' WRKY_hmmerOut_final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >domain1_final.bed grep -v '#' WRKY_hmmerOut_final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==2 {print $1,$18,$19 }' >domain2_final.bed #截取序列 seqtk subseq  ../01.data_prepare/Mlu.gene.pe...

文章 linux shell 将多行文件转换为一行

...       3. cat file | xargs        This manual page documents the GNU version of xargs. xargs reads argu-       ments from the standard input, delimited by blanks (which can be pro-       tected with double or single quotes or a backslash) or newlines       上面是man...

文章 R包hdf5r安装失败 SeuratDisk 安装失败

R包hdf5r安装失败 Found hdf5 with version: 1.8.12configure: error: The version of hdf5 installed on your system is not sufficient. Please ensure that at least version 1.8.13 is installedERROR: configuration failed for package ‘hdf5r’ 解决办法： 1. 下载hdf5-1.8.13的源码 ...

文章 进化树构建方法及原理

...是最大似然法，然后是最大简约法。 Hall BG. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences. Mol Biol Evol. 2005 Mar;22(3):792-802. doi: 10.1093/molbev/msi066. Epub 2004 Dec 8. Erratum in: Mol Biol Evol. 2005 Apr;22(4):1160. PMID: 15590907.

问题 执行ALLHiC分组不成功

...-b sample.clean.bam -r draft.asm.fasta -e DPNII -k $k ## Extract CLM file and counts of restriction sites  #(HindIII: AAGCTT; MboI: GATC) allhic extract sample.clean.bam draft.asm.fasta --RE GATC ## 排序和方向优化 for K in `seq  1 $k`; do     allhic optimize sample.clean.counts_GA...

文章 蛋白序列亚细胞定位 WoLF PSORT

...., Zheng, C., Wu, X., & Wang, W. (2015). Protein Subcellular Location: The Gap Between Prediction and Experimentation. Plant Molecular Biology Reporter, 34(1), 1-10. 更多生物信息课程：https://study.omicsclass.com/index 延伸阅读：获取MOTIF 位置信息矢量图 | 做韦恩...

文章 python代码到pubmed上搜索关键字，统计每年发文章数量

代码如下： from Bio import Entrez import time import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt from concurrent.futures import ThreadPoolExecutor, as_completed # 设置你的邮箱（NCBI 要求） Entrez.email = "your_email@example.com" Entrez.tool = "PubMedYearStatsTool" def search_p...

文章 GWAS中P值的筛选阈值原理是什么

..., Cao K, Zhu G, et al. Genomic analyses of an extensive collection of wild and cultivated accessions provide new insights into peach breeding history. Genome biology, 2019, 20(1): 36.

文章 Perl 变量命名规则

...ecord$total_score$root_node 对于查表的数组或者哈希，采用 xxx_of, xxx_for的命名方式，也就是在末端加上介词，比如。 my %title_of;my %ISBN_for;my @sales_from; 这种写法会使后面的代码可读性极好。 while (my $month = prompt -menu => $MONTH_NAMES) {for my...

文章 基因家族分析--低成本SCI文章思路

... 参考文献： Zhao P, Wang D, Wang R, et al. Genome-wide analysis of the potatoHsp20gene family: identification, genomic organization and expression profiles in response to heat stress:[J]. Bmc Genomics, 2018, 19(1):61. 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现...

文章 叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

... REPuter 是在线注释的网站， 详情可参考文献  REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale 一、操作 REPuter网站 https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/reputer 1.进入网站后，点击Submission，之后上传自己的序列（fasta文...