问题 执行ALLHiC分组不成功

...-b sample.clean.bam -r draft.asm.fasta -e DPNII -k $k ## Extract CLM file and counts of restriction sites  #(HindIII: AAGCTT; MboI: GATC) allhic extract sample.clean.bam draft.asm.fasta --RE GATC ## 排序和方向优化 for K in `seq  1 $k`; do     allhic optimize sample.clean.counts_GA...

文章 Perl 变量命名规则

...ecord$total_score$root_node 对于查表的数组或者哈希，采用 xxx_of, xxx_for的命名方式，也就是在末端加上介词，比如。 my %title_of;my %ISBN_for;my @sales_from; 这种写法会使后面的代码可读性极好。 while (my $month = prompt -menu => $MONTH_NAMES) {for my...

文章 python代码到pubmed上搜索关键字，统计每年发文章数量

代码如下： from Bio import Entrez import time import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt from concurrent.futures import ThreadPoolExecutor, as_completed # 设置你的邮箱（NCBI 要求） Entrez.email = "your_email@example.com" Entrez.tool = "PubMedYearStatsTool" def search_p...

文章 蛋白序列亚细胞定位 WoLF PSORT

...., Zheng, C., Wu, X., & Wang, W. (2015). Protein Subcellular Location: The Gap Between Prediction and Experimentation. Plant Molecular Biology Reporter, 34(1), 1-10. 更多生物信息课程：https://study.omicsclass.com/index 延伸阅读：获取MOTIF 位置信息矢量图 | 做韦恩...

文章 GWAS中P值的筛选阈值原理是什么

..., Cao K, Zhu G, et al. Genomic analyses of an extensive collection of wild and cultivated accessions provide new insights into peach breeding history. Genome biology, 2019, 20(1): 36.

文章 叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

... REPuter 是在线注释的网站， 详情可参考文献  REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale 一、操作 REPuter网站 https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/reputer 1.进入网站后，点击Submission，之后上传自己的序列（fasta文...

文章 基因家族分析--低成本SCI文章思路

... 参考文献： Zhao P, Wang D, Wang R, et al. Genome-wide analysis of the potatoHsp20gene family: identification, genomic organization and expression profiles in response to heat stress:[J]. Bmc Genomics, 2018, 19(1):61. 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现...

文章 pip报错

出现报错WARNING: Running pip as the 'root' user can result in broken permissions and conflicting behaviour with the system package manager. It is recommended to use a virtual environment instead: https://pip.pypa.io/warnings/venv 以“root”用户运行pip可能导致权限中断，可以尝...

问题 maxquant蛋白组数据搜库报错

...件，结果报错如下maxquantImpl has stopped working.A problem caused the program to stop working correctly, Windows wil close the program and notify you if a solution is available,不知为何，希望老师可以赐教，先谢过您。 另外想请教下您。maxquant可以用服务器搜库...

文章 技术贴-agriGO简单好用的GO富集网站来一个！

...分析过程。而选定分析之后要确定分析的物种，在2.Select the species中进行物种设定，具体涵盖网站涉及的45个，同时在对应的输入框中输入正确的基因ID。不同的物种对应的ID类型有所差异，具体可接受的ID类型在网页右侧有明确...

问题 一般GEO中的双通道芯片是可以下载到series_matrix.txt文件的，这个文件中我看值应该是去过log2的，我看网站介绍说文件里面的值是Normalized log2 ratio of normalized intensities defined by CH2/CH1，这句话是不是意思是两个样本荧光强度比值取对数之后的数据，如果是的话我可以直接看出基因的差异表达了，我可以直接拿这个数据来作图说明我所研究的基因家族成员发生了差异表达吗？因为在文献中也没有见过这种情况的作图，希望老师指点一下，谢谢老师

问题 用deseq_analysis.r分析差异表达分析时报如下的错误

[1] "abstract_factors is start" Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 2 did not have 3 elements Calls: abstract_factors -> read.table -> scan Execution halted

文章 三代全长转录组鉴定红花黄酮类次代物合成相关相关基因-附原文献下载！

...发表在BMC Genomics上题为：Full-length transcriptome sequences and the identification of putative genes for flavonoid biosynthesis in safflower 的红花三代全长转录组文章。 背景： 红花（拉丁学名：Carthamus tinctorius L.），别名：红蓝花 、刺红花，菊科、...

文章 2020年-基因家族分析文章怎么发！

...l. Genome-wide identification, characterization and expression analysis of the TLP gene family in melon (Cucumis melo L.)[J]. Genomics, 2020. 重点福利来了！ 组学大讲堂专注于生物信息培训，已有20000+的线上网课学员和1000+的线下培训学员。是国内第一家开展...

问题 老师，我在用比较基因组学方法做两个物种之间的共线性分析时，是可以筛到某一种基因家族在两个物种中对应的共线性的，但是用下面这种方法做是做不出来某一基因家族在两物种之间的共线性关系的

...soft/MCScanX/MCScanX/MCScanX ST_AT 得到以下结果 Reading BLAST file and pre-processingGenerating BLAST list170 matches imported (1 discarded)44 pairwise comparisons0 alignments generatedPairwise collinear blocks written to ST_AT.collinearity [0.013 seconds elapsed]Writing multiple syntenic bl...