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文章 实验室linux生物信息服务器搭建CentOS7

... [root@centos7 ~]# vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-enp0s3    TYPE=Ethernet DEFROUTE=yes IPV4_FAILURE_FATAL=no IPV6INIT=yes IPV6_AUTOCONF=yes IPV6_DEFROUTE=yes IPV6_FAILURE_FATAL=no NAME=ens33 #网卡名 UUID=50eff37c-72b4-407a-a3ee-9ef8ca746b95 DEVICE=ens33 BOOTPROTO=static # 等...

文章 百万样品GWAS解释精神疾病间的遗传关系

...neri Anttila et al. Analysis of shared heritability in common disorders of the brain. Science, 2018; 360 (6395): eaap8757 DOI: 10.1126/science.aap8757

问题 ggtern 运行报错

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文章 IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

文章发表在Molecular Therapy Nucleic Acids（IF: 8.86）Immune-Related lncRNA to Construct Novel Signature and Predict the Immune Landscape of Human Hepatocellular Carcinoma 背景介绍 1.尽管肝细胞癌 (HCC) 发生率与死亡率很高，其致病因素繁多，但HCC 的药物治疗也...

文章 TCGA和GEO套路文章解说

...章。 文章1： 文章今年（2018）发表在：Cancer Management and Research 上IF=3.851。该文章发表的杂志影响因子虽然不高，但是分析思路还是可以借鉴的：文章主要分析结论是：利用公共数据（GEO，TCGA数据），通过数据筛选分析后发现...

问题 老师您好，docker镜像加速后，下载你们的gwas镜像时，总是pull了一半，剩下的立刻就没反应了，尝试了几十次，这个怎么回事?

...dial tcp 104.18.122.25:443: connectex: A connection attempt failed because the connected party did not properly respond after a period of time, or established connection failed because connected host has failed to respond.

问题 相关系数矩阵

计算OTU间两两相关系数矩阵 ，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数（the Benjamini and Hochberg false discovery rate (FDR)）矫正。具体如何实现呢，望大神赐教！！

文章 保姆式教程！手把手教你使用Simplot，绘制高大上的序列相似性图片

...很美观！！！ 参考文献： 《Monsavirus in monkey rectal swab and throat swab specimens in China: Proposal for Posaliviridae as a new family in Picornavirales》； Han Z, Song Y, Xiao J, Zhao X, Lu H, Zhang K, Jia S, Zhou J, Li J, Si F, Sun Q, Zhu S, Wang D, Yan D, Xu W, Fu X, Zhang Y. ...

文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

...iu J, Sui Y, Chen H, et al. Proteomic Analysis of Kiwifruit in Response to the Postharvest Pathogen, Botrytis cinerea[J]. Frontiers in Plant Science, 2018, 9: 158.

文章 Horticulture Research | 基因组变异揭示了莲花的种群历史和生物适应性

...Genomic variation reveals demographic history and biological adaptation of the ancient relictual, lotus (Nelumbo Adans.)”。该论文组装了高质量的‘太空莲3号’基因组，研究了莲突变积累系（MA）的基因组变异，并基于野莲资源的重测序数据重建了野莲群...

文章 R| set.seed()作用使随机结果具有复现性

...似回答：https://stackoverflow.com/questions/23511853/set-seed-function-what-is-the-best-value-for-setting-a-seed 种子的唯一真正好处是使随机结果具有复现性。至于seed数值的设置一般来说没有偏好。它们只是为伪随机生成器提供一个具体的种子，而...

文章 OthroFinder-物种同源基因分析工作原理

Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件，除此之外，还可以使用OrthoMCL，今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图：     1.1 （a）将所有物种的全部蛋白序列通过序列比对和调用MCL聚类实...

文章 遗传图谱构建基础知识

...完全连锁重组率r=0.5时，不连锁 LOD值 概念：LOD = Log of the likelihood odds ratio ，估计值在观察结果中出现的这种概率的可能性。用来反映重组率估计值的可靠性程度或作为连锁是否真实存在的一种判断尺度。计算公式：LOD=Log10(L(r)/...

问题 tassel计算PCA

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问题 tassel 计算PCA

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