找到约 15 条结果

文章 linux下安装java

java安装 yum search java 先看下java对应的版本,我装的是1.8版本的java包。 yum install java-1.8.0-openjdk.x86_64 装好了就能用java命令了。 配置下JAVA_HOME配置文件: vim /etc/profile把下面填进去 #set java environmentJAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.8.0-o...

文章 gff文件格式标准的修改脚本

... 正则表达式的使用:这个脚本使用了多个正则表达式来匹配和替换同的模式。正则表达式是一个非常强大的工具,但是对于一些人来说可能比较难以理解和掌握。字符串操作:这个脚本涉及到了多个字符串的操作,包括分割...

文章 STAMP使用(组间差异)

...OTAX数据库注释得到的功能表,可以在STAMP内进行组间差异分析,且软件绘制出的图片精美,可直接用于文章发表。 一.STAMP软件简介 1.STAMP软件是分析微生物物种与功能组成的可视化软件,提供了多种假设检验方法以及同类型...

文章 pfam数据库介绍及使用

...构+motif—1张图全显示| 基因组间共线性图 | 多方法、多版本的微生物网络图绘制课程 | 热图竟然还能用Excel来画 | Cytoscape-网络图绘图技巧 | 怎么做一张好看的分类学树状图 | 绘一棵超酷炫的系统发育树! 更多生物信息...

问题 KaKs分析结果有三对,mscan分析结果有5对,且这5对中只有 2对和KaKs分析结果一致,为什么会这样?应该怎么取结果?

gene_list mscan结果 下面是KaKs分析结果 挑选出其中位于同一条染色体的 换成基因名字作图:只有三对

问题 基因家族分析orthfinder运行过程中出现的问题

运行自检都正常,但是到这里就自动停止了,数据有一部分但是完整。这个是什么原因导致的呢?如何解决呢?我用的是2CPUs,5线程。

文章 如何利用HMMER鉴定基因家族成员

...:该软件的目标文件必须在桌面才可以添加)。下桌面版本:hmmer3.0_windows,将下下来的版本解压到桌面 文件准备,拟南芥蛋白组数据,来自pfam数据库的模型,模型是怎样确定的,请参考:将蛋白文件,模型文件放到解压的...

文章 R 语言colors()657种颜色

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

文章 单细胞转录组课程2026更新

...处理瓶颈。 肿瘤拷贝数变异分析提速:新增 Python 实现版本,显著提升分析速度。 细胞通讯:新增 NichenetR 分析,可识别配体-受体介导的下游靶基因。 细胞扰动响应分析:集成 miloR、Augur、Ro/e 三种方法,快速定位受处理影响...

问题 老师,,请问一下那个在线资源库可以下青蒿的全基因组数据呢?

文章 16S聚类还是降噪?

...准确的区分正确与错误序列。 Unoise目前已经升级到Unoise3版本整合在Usearch10中,使用起来相当方便: usearch -unoise3 uniques.fa-zotus zotus.fa -tabbedout unoise3.txt -minsize 8 到底应该用Uparse还是Unoise3? Edgar,R.C.给出了他的建议 [4]: Uparse...

文章 菠萝WRKY基因家族分析

最近有很多人问到基因家族分析当中的基因加倍和复制现象,也就是:tandem duplication和segmental duplication的区别与联系,关于这个问题的解答,我已经在我们组学大讲堂问答网站上进行了详细回答,感兴趣的可以到 www.omicsclass.com ...

文章 GEO数据与WGCNA--挖掘胶质瘤共表达网络的关键模块与通路

...达的基因模块,探索基因模块与性状之间的关系。 这种分析方法在生物研究领域中被广泛使用,以期对实验做出具有生物学意义的解释,从而继续挖掘更深层次的生物学机制。这里给大家介绍一篇WGCNA相关文献,学习如何进行...

文章 DNA SequenceLogo

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,...

文章 clustalW命令行批量多序列比对

...课程:1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习...