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问题 是没有gene-family了嘛

...                           STARS     OFFICIAL omicsclass/bwa                        BWA v0.7.17 build by omicsclass                  0 omicsclass/samtools                   samtools v1.10 build by omicsclass               3 omicsclass/isoseq3...

问题 docker后台如何运行命令

在使用docker镜像的时候，有的命令必须长时间运行，比如bwa比对，如何挂载在后台运行，就是那种退出服务器，命令还能运行。

问题 command not found

将组学大讲堂的镜像压缩包转成SIF，运行后报错;在组学大讲堂的rnaseq v2.0中运用，同样找不到bwa，请问老师卧室哪里出错了吗？

问题 测序数据比对

...中相比没有.gz后缀是否有区别？ 2.利用cleandata可以直接bwa比对吗，不再做课程中讲的质控/ 3.由于是120个样本，所以数据是120个文件夹名为（W1A-W120A），每个文件夹里面包含了两个测序数据文件-1.fq和-2.fq(如图)，读取这一段循环...

问题 samtools sort 时候报错

您好，我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa，得到的sam文件用samtools sort的时候报错，fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 不知道是什么原因？SAM文件这样的，谢谢！

问题 参考基因组建立索引报错，这是什么原因？

...icard.cmdline.PicardCommandLine.main(PicardCommandLine.java:114) RNN CMD: bwa index Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa [bwa_index] Pack FASTA... 3.05 sec [bwa_index] Construct BWT for the packed sequence... [BWTIncCreate] textLength=750098570, availableWord=64779716 [BWTIncConstructFromPack...

问题 在建立索引时出错，输出文件都是0KB

...demo//scripts/index.sh: line 31: [: -gt: unary operator expected RNN CMD: bwa index elepant_grass_genome.fa [bwa_index] Pack FASTA... /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//scripts/index.sh: line 38: 21936 Killed                  bwa index $fa gtf file not provide, try get...

问题 叶绿体基因组组装过滤代码错误

...行组装。但是原始代码中@被samtools识别为未知符号。所以bwa比对正常，但是输出给samtools就有问题。报错如下图：

文章 近期常用命令记录——比对并提取fq，ncbi下载并转化为fq，序列提取等

...并提取比对到的reads，得到fsatq文件 1.二代数据比对  bwa-mem2 #检索引并比对bwa-mem2 index reads.fabwa-mem2 mem -t 20 reads.fa 1.clean.fq.gz >alignment.sam#sam文件转化为bam文件samtools sort -@ 4 -O bam -o align1.sorted.bam alignment1.sam#bam文件索引samtools i...

文章 基因组重测序docker镜像更新到2.0

...新2.0： 1.主要是一些软件升级到最新如：fastp，samtools，bwa，GATK ,一些R包等 2.GATK 更新到4.4.0.0，更新群体大规模Call SNP方法； 3.更新大样本量，并行运行讲解 4.其他代码优化等 使用方法： docker pull omicsclass/reseq:v2.0docker run -i...

文章 GSDS网站docker镜像本地构建

...     isoseq3 v3.3.0 build by omicsclass              0omicsclass/bwa                 BWA v0.7.17 build by omicsclass                 0omicsclass/samtools            samtools v1.10 build by omicsclass              0omicsclass/blastall            legacy b...

文章 Samtools截取基因组序列（Docker篇）

...组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，而重测序中BWA、bowtie等比对软件则主要输出为.sam文件）不可或缺的神器！ Samtools软件的安装相当麻烦，安装教程可参考：samtools你安装成功了吗？那有没有方法可以省去繁琐的安装步...

问题 老师 下面这个问题需要怎么解决呀 希望老师能给我解决这个问题 谢谢

...我用第二种酶就只能完成上面的第一步，不能生成sample.bwa_aln.REduced.paired_only.bam这个文件，但是我问公司  ，公司说用的是第二种酶，然后用第一种酶做到 这一步的时候就会出现下面这种错误

文章 Linux生物信息分析环境搭建

...分吧。生物信息常用的软件：perl、R、python、blast、hmmer、bwa、bowtie等一系列软件，转录组，重测序，微生物16S等分析都可以在此系统下完成。 教学视频永久免费哦！详情请关注组学生物公众号。 观看方式： 电脑上打开网...

文章 GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析

...本测序的数据比对到参考基因组命令行如下： #两个样本bwa分别比对到人类hg38参考基因组上：bwa mem Homo_sapiens_assembly38.fasta N154_1.clean.fq.gz N154_2.clean.fq.gz \ -t 8 -M -R "@RG\tID:N154\tLB:N154\tPL:ILLUMINA\tSM:N154" |samtools view -bS -h - > N154.bambwa...