测序数据比对

1.测序后获的是cleandata,*-1.fq的压缩文件,这和课程中相比没有.gz后缀是否有区别?

2.利用cleandata可以直接bwa比对吗,不再做课程中讲的质控/

3.由于是120个样本,所以数据是120个文件夹名为(W1A-W120A),每个文件夹里面包含了两个测序数据文件-1.fq和-2.fq(如图),读取这一段循环怎么写比较好呢?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你这个是压缩文件,建议把文件后缀显示出来;

这个windows没有好的办法,你先手动写命令吧;

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  • Jay 提出于 2024-01-09 12:36