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问题 对于同一种系来源的生物体的基因组（比如都是人类的基因组），我要进行连锁不平衡分析，不同批次的数据对连锁位点的判断相同吗？

具体来说我想用plink删除基因组上连锁不平衡的位点，但我两份数据的位点数不一样，用同样的参数可以得到同样的连锁不平衡位点的集合吗？

文章 feature 重要性排序棒棒糖图

...aes(x = Gain, y = reorder(Feature, Gain))) +  # 绘制“棒”：从 x=0 到 x=Gain 的线段  geom_segment(    aes(x = 0, xend = Gain, yend = Feature),    color = "gray80",    size = 1.1  ) +  # 绘制“糖”：点的大小固定，颜色根据 Gain 渐变  geom_point(aes(color = Gain...

文章 Perl之stat()函数

... 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂...

文章 组学大讲堂samtools工具docker镜像使用方法：

...rw-r--r-- 1 root    root      14 Mar 16 17:55 t.fa.fai 或者直接可以把当前工作路径传递进去： docker run -v `pwd`:`pwd` -w `pwd` --rm   d505ac3f6c30 samtools faidx t.fa # -w 设置容器中的工作路径         3.总结 是不是很好用，不用...

文章 性价比超高5个重测序发IF=6遗传进化文章

...，一种环境下的样品，当然收集的越多的样品就越能代表这个群体，这样会测序很多样品，测序成本往往超出预算；今天看到一篇文章，可大大降低做群体遗传进化分析的成本；那就是做混池测序； 拟南芥混池测序遗传进化 ...

文章 非肿瘤文章集锦

...瘦和肥胖的多囊卵巢综合征的表型产生了新的机制假说，也验证了现有的观察结果，例如肥胖和患有多囊卵巢综合征的女性与精瘦的多囊卵巢综合征相比更高的共患率。 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32695266/   https://pubmed.ncbi.n...

文章 叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

...计算完成的界面，点击open interactive viewer，交互式打开，可以看到不同的散在重复类型，点击save as 保存结果 保存的结果如下 第一行  354466: 序列长度， 后面的0，45 分别为maximum allowed distance， minimum repeat size 下面每...

文章 readxl包读取excel的多个函数简介

readxl包括多个可以读取excel的函数，不需要与包“xlsx"中的read.xlsx（）函数一样去调用java ("xlsx" 应用是需同时安装"xlsxjars","rJava"）例如readxl包的函数read_xlsx()读xlsxsheet1=read_xlsx("Cici.xlsx",sheet = 1)> sheet1# A tibble: 1 x 3      A...

文章 一名科研汪的十二时辰，过于真实！

...，电视剧《长安十二时辰》很是火热， 据说非常好看，可以媲美曾经的国产剧王《琅琊榜》， 但是，学霸姐姐还没看， 你不要问学霸姐姐为什么没看。 本汪的十二时辰都安排得满满当当，哪儿来的时间追剧啊， 心塞ing…...

文章 proteusTMT 分析蛋白质组数据时，meta文件的格式是怎么样的？

蛋白质组数据，采用Maxquant 进行蛋白的鉴定和定量之后，可以采用R包“proteusTMT” 进行差异表达分析和统计分析。 其中比较关键的是如何在meta文件中设置样本标记信息和分组信息。 meta文件，格式（采用tab 分割）如下： measur...

文章 python数据可视化-matplotlib之inshow

...tps://www.cnblogs.com/DOMLX/p/9751471.html # camp(colormap)就不细讲了,可以看https://blog.csdn.net/lanchunhui/article/details/66972783 plt.subplot(212) #绘制一个两行一列的图，并对第一个图进行绘制 # 参考链接https://www.jianshu.com/p/de223a79217a plt.imshow(np.random.ra...

问题 请问老师，使用annovar进行注释出现报错，如下：Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

之前使用的时候发现此类报错，添加nopolish参数就可以运行，这一次添加完报错信息是：在输出文件时无法识别格式invalid record found in annovar outputfile:。是不是软件没有更新？annovar/2019Oct24/annotate_variation.pl 我用的是这一版。还是...

问题 重测序

...不用并行命令 直接运行nohup sh work285.sh >work285-3.sh.o& 这个命令就不报错，这是怎么回事？ sh: -I: command not found warning, cmd:     -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ failed with ret: 32512, going to retry. sh: -c: line 0: unexpected EOF whil...

文章 错误：perl: warning: Please check that your locale settings: LANGUAGE = (unset), LC_ALL = (unset), LC_CTYPE = "UTF-8", LANG = "en_US.UTF-8"

...算机连接服务器并使用perl的时候，可能会报上述错误 这个时候，你需要在主机上的 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 文件加上下面的参数， # Setting for the new UTF-8 terminal support in Lion export LC_CTYPE=en_US.UTF-8 export LC_ALL=en_US.UTF-8 如果是...

问题 想请教下，就是我测了种子五个不同发育时期的转录组，想通过转录组数据中的表达量筛选出几个候选内参基因，用什么条件筛选呢？

我是通过所有基因FPKM值得文件进行筛选的，目前知道的是①CV小于0.15，②两个时期比对log2（fold change）绝对值小于0.2，筛选出了四百多个基因，还有什么条件可以筛选呢？比如FPKM值介于多少比较好？