性价比超高5个重测序发IF=6遗传进化文章
由于海拔高度，气候条件的差异，以及长期的地域，生殖隔离。使得同一物种在不同的环境下长期受到自然选择的作用，遗传漂变等的作用，而表现出较大的遗传差异，了解这些差异背后基因是如何受到选择的，正是生物学家所关注的；
重测序做遗传进化大多都收集不同区域地理环境的样品，一种环境下的样品，当然收集的越多的样品就越能代表这个群体，这样会测序很多样品，测序成本往往超出预算；今天看到一篇文章，可大大降低做群体遗传进化分析的成本；那就是做混池测序；
拟南芥混池测序遗传进化
作者在意大利北部的阿尔卑斯山脉不同海拔区域选取19-29
个体进行混池高深度测序（平均测序深度19-50X），如下图，两个高海拔样品和三个低海拔取样地点：
遗传多样性结果
对各混计算diversity，Tajima’s D，Fst 等遗传参数发现：低海拔群体diversity 高，Tajima’s D趋于0，说明受到的选择压力小，而相反，处于高海拔的群体，diversity相对低，Tajima’s D远偏离0，说明高海拔地区受到强烈的自然选择作用：
种群历史分析
进化树分析，高海拔和低海拔群体分为两个群，可推断高海拔群体有低海拔群体分离出去。具体种群大小和历史通过ABC贝叶斯模型结合SNP数据推断出：分离时间在14,800 to 260,000年，同时在这一时期出现bottleneck；有效群体大小分析高海拔种群体大小小于低海拔群体，与分离时bottleneck相关；
选择消除分析
通过高低海拔样品的对比进行选择消除分析发现，与抗性相关的基因受到强烈的选择，如与NBS-LRR基因家族相关的基因等；这与高海拔区域高寒胁迫和强紫外线照射胁迫相关；
Torsten Günther1,2, Christian Lampei1, Ivan Barilar1, and Karl J. Schmid1.
Genomic and phenotypic differentiation of Arabidopsis thaliana along altitudinal
gradients in the North Italian Alps.2016.Molecular Ecology.
- 发表于 2018-04-22 15:02
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- 分类：重测序
