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问题 WGCNA分析中cluster dendrogram图上的module colors只能显示一种颜色,但在代码中table(moduleColors)显示已分19个模块19种颜色,想问下是哪里出现问题了,谢谢!

...table(moduleColors)后得的颜色模块还是很多的。想问下我这个操作是哪里出现问题了呢?万分感谢!

文章 做进化树,底哪种算法适合我?

...而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的,就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状态,当多个序列进行进化树分析时,进化树的拓扑形状就由这些碱基的状态决定了)。独立元素法包括最大简约性法...

问题 老师好,我在做课时20 比较基因组学分析时 在/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Zj --cscore=0.7这一步出错,换下一个物种生成anchors文件为空,请老师指点

老师好,我在做课时20 比较基因组学分析时 在/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Zj --cscore=0.7这一步出错,换下一个物种生成anchors文件为空,请老师指点bed和cds名字都一样 请老师指点,谢谢

文章 blast+命令选择

... 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?...

问题 jcvi报错'LayoutLine' object has no attribute 'sizes'

...as no attribute 'color',我将layout文件edges下的e顶格写后变成了这个报错,请问老师应该怎么解决 Traceback (most recent call last):   File "/share/work/biosoft/python/Python3/lib/python3.9/runpy.py", line 197, in _run_module_as_main     return _run_code(code, main_globa...

文章 JGI-IMG微生物功能基因组数据库介绍

...个条目均可排序筛选,查询搜索十分方便,且基因组信息可以很方便的输出。 还有关于细菌功能的收录整理:

文章 Linux 服务器 安装Jupyter notebook 并开启远程访问

...Out [2] 显示的密码('sha1:...' 包括引号)。新版notebook7 用这个:from jupyter_server.auth import passwd3. 修改jupyter notebook的配置文件打开配置文件vim ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py 在该文件中做如下修改或直接在文件尾端添加:注意配置文...

问题 请问在GEO中收的比如肝癌的随便一篇文章的数据都能拿来分析自己的问题么?应该怎么选择用哪组数据

...分析。但是现在很困惑,就是网上随便搜一个关键词的话可以很多相关的测序结果,但是跟我想研究的内容都不一样,在这种情况下应该以什么标准来选择下载哪一组数据进行分析呢?大家有什么经验没啊

问题 GWAS分析时,基于不同模型分析结果P值计算的膨胀系数相差很大,请问这是什么原因导致,该如何解决。

...什么,该怎么解决。另外,我看一种方法叫Genomic control可以用膨胀系数对P值进行校正,但这是对结果的校正,有分析的准确性有多大意义呢?还请不吝赐教,万分感谢!

文章 R语言统计数据范围并用ggplot2绘制饼图

...现在我需要按照指定的间隔范围统计,数值出现的频率得结果绘制饼图: 统计数据,以及ggplot2绘图饼图代码如下: library(reshape2) local({r <- getOption("repos") ;r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" ;options(repos=r)}) ...

文章 perl中单引号与双引号区别

...字面上的两个字符; 而双引号中的反斜线更为强大,可以转义许多控制字符,双引号中“\t \n”分别代表水平制表符和换行; print 'hello world  \t \n';print "hello world  \t \n"; 结果: hello world  \t \n hello world     区别二: ...

文章 linux大文件分割 分开行数小文件 split命令

...split命令,-b 4000M 表示设置每个分割包的大小,单位还是可以k// -d "参数指定生成的分割包后缀为数字的形式//-a x来设定序列的长度(默认值是2),这里设定序列的长度为1

文章 在线绘制聚类热图(heatmapper)

...。 如果基因数目比较多,基因名称显示会不清晰,我们可以将图片下载下来,然后再使用其他软件进行修改,比如使用AI进行修改。 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单...

文章 使用orthomcl分析同源基因时的 mysql数据库操作

... 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下:1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点...

文章 IF=4.3|棉花GT64基因家族的泛基因组分析及对黄萎病的表达响应

...列上的GT64保守结构域位置,图D是基因启动子区域预测得的顺式作用元件,图E是GT64基因结构。基因的结构信息来自于CottonFGD数据库。 02-4. 8种棉花基因组间共线性分析 通过Blast方法对8种棉花的全部蛋白序列进行比对,并利...