5 WGCNA分析中cluster dendrogram图上的module colors只能显示一种颜色,但在代码中table(moduleColors)显示已分19个模块19种颜色,想问下是哪里出现问题了,谢谢!

做WGCNA分析,数据量比较大,有45783个基因,但样本数只有12个。运行后得到的cluster dendrogram图中的module colors的颜色只能显示出蓝色,但我table(moduleColors)后得到的颜色模块还是很多的。想问下我这个操作是哪里出现问题了呢?万分感谢!attachments-2019-08-h66mlZ2s5d4d562f87ef3.jpg

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5 个回答

Daitoue

您好~这个是哪个课程的代码?我这边看着好像不太像组学大讲堂对应WGCNA课程代码?看这个应该是基于一步构建的方法完成分析的 具体的问题检查一下画图输入的各个参数是不是和树以及模块对应~

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赵天毓

谢谢!我这个是大讲堂WGCNA课程中第三页ppt上WGCNAR包教程中的代码,https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/。使用课堂中的代码报错显示内存不够,需要15.6Gb,但我的电脑只有4Gb。因此使用的这个,因为我的数据量较大,它将我的数据切割成10块分别运算的,但在最后出图的时候这10个整合不回去了,就一共生成10张图不知道该用什么代码能合并回去?

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冯媛媛

您好,请问问题解决了吗,我也遇到了同样的问题,想问您是怎么解决的。

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FX

您好,请问问题解决了吗,我也遇到了同样的问题,想问您是怎么解决的。

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刘禹辰

这是因为设置maxBlockSize的时候小于你输入的基因数,因此运算时自动分成多个block进行计算提高运算速度。提高maxBlockSize大于输入基因数就可以解决这个问题(前提是电脑内存够,32G笔记本可以跑30000左右个基因)

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