新打开服务器只进行了修改密码的操作，但无法mkdir pan-gene-family的文件夹显示文件已存在，但目录下没有需要解压的demo文件，文件都已从网盘下载了，不知道是什么原因导致的，希望老师看见可以回答一下
...现总是有问题，最后才发现是windows当中用记事本编辑过这个文件，导致换行符与linux当中不同，导致脚本出错。因此建议统一编码格式utf-8；避免由于换行符导致错误： 小知识windows中的换行符：\r\nlinux中的换行符：\n notepad++...
...Excel时会不小心在单元格最后加个换行符，如果比较少，可以直接删掉，但是如果较多，一个个删就会很费劲。 这里有一种快速解决的方法。 1、选择要替换的单元格区域2、按CTRL+H快捷键，弹出查找与替换对话框3、在替换选...
...eq.sif docker://rnaseq:latest 第二种方法：有时候网速不好，可以用本地docker文件转换 #导出docker镜像 docker save omicsclass/rnaseq:latest | gzip > rnaseq.tar.gz #镜像保存 #如果导出的镜像是gz压缩的需要解压成tar文件 gunzip rnaseq.tar.gz #生成s...
所用的文件如下 获取其他物种的蛋白序列的时候，没有问题，但是获取这个物种的蛋白序列的时候，就出现如上错误
想问一下，Genes、scientific reports、plos one、Horticulturae、Protoplasma、Frontiers in Genetics期刊，纯生信无实验验证的基因家族文章比较推荐投这六个期刊中的哪一个？投哪一个可以不用补实验，更容易中？
...tudent_name 进行搜索替换，如果需要限定特定的数据，后面可以加where限定，如下： UPDATE student SET student_name = replace(student_name, 'John', 'Mark') where id =11;
...； 选择癌症类型，免疫细胞类型，输入基因symbol之后就可以进行分析 结果： Survival 模块探索临床结果 与免疫浸润或基因表达丰度之间的关联 ； Mutation 模块探索突变基因 与免疫浸润丰度之间的相关性 ； SCNA 模块探...
使用get_gene_length_from_gtf.py这个脚本生成gene_length文件时，发生以下错误： raceback (most recent call last): File "get_gene_length_from_gtf.py", line 50, in <module> kvs=get_value(tmp[8]) File "get_gene_length_from_gtf.py", line 37, in get_value k=g.group(...
...目录下所有以 GSM 开头的文件for file in GSM*; do # 提取 _ 到最后一个数字的内容 identifier=$(echo "$file" | sed 's/.*_\([^_]*[0-9]\).*/\1/') if [ -n "$identifier" ]; then # 创建对应的文件夹，若文件夹已存在则不报错 mkdir -p "$identifier"...
...证的方法排除共线性严重的基因优化和简化模型。该分析可以使用R包glmnet(Friedman et al. 2010)完成。 注：LASSO为寻找最佳的模型，引入变量λ (lambda 又叫收缩算子、模型系数比、调优系数或惩罚值) 随着λ增加，各变量的回归系数...
... 大于等于2且FDR小于等于0.01，如果差异表达基因数量太少可以适当降低标准，差异表达基因数量太多适当调整。还有那些因素会影响差异表达基因的数量呢？ 第一：样品的处理，在取样时样品的处理很重要，处理之间（或者表...
EndHiC软件中matrix2heatmap.py脚本可以绘制HIC热图。 其使用的输入文件为Hic-pro生成的输出文件：AthaHiC_100000_abs.bed 和 AthaHiC_100000.matrix bed格式如下： chr1_1 0 100000 1chr1_1 100000 200000 2chr1_1 200000 300000 3chr1_1 300000 40...
首先，好像是不是因为缺parent的缘故而造成的无效 GFF文件如下 我看之前的GFF文件其中有mRNA，想着是不是这个的原因，然后把transcript替换成mRNA，如下，还是出现以上错误。求老师帮忙看一下
...太少，后期区间会太大，基因太多不好找吧。 那如果取到性状不那么极端的个体混池，会对后续的分析有很大的影响吗？具体影响是什么？或者为什么没有很大的影响?