在基因家族分析的时候,利用GFF文件中geneID与mRNA的对应关系的脚本进行运行时出现如下无效的错误,求指教

首先,好像是不是因为缺parent的缘故而造成的无效

attachments-2021-04-LJVwW1oj608042d6e7a3c.pngGFF文件如下

attachments-2021-04-hFZNGPnP608043c7d53f4.png我看之前的GFF文件其中有mRNA,想着是不是这个的原因,然后把transcript替换成mRNA,如下,还是出现以上错误。求老师帮忙看一下

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你看看你的GFF文件的这几行附近的:mRNA是否有parent 或者 ID 信息: 如果没有可能导致这个报错

attachments-2021-04-BH4j5VEp6081167a08eca.png

再有我们基因家族课程刚刚更新了,包括一些脚本进行修改升级避免不必要的bug;你可以重新下载一下:

https://study.163.com/course/introduction/1209048893.htm?share=2&shareId=1030291076 

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  • 杨辉 提出于 2021-04-21 23:27

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