在线工具TIMER的使用

在线工具TIMER功能及使用

TIMER(链接:https://cistrome.shinyapps.io/timer/)是用于肿瘤浸润性免疫细胞综合分析的在线工具,通过TIMER算法估计六种免疫浸润细胞(B细胞,CD4+T细胞,CD8+T细胞,中性粒细胞,巨噬细胞和树突状细胞)的丰度,其中:

Gene 模块探索基因表达 与免疫浸润丰度之间的相关性 

选择癌症类型,免疫细胞类型,输入基因symbol之后就可以进行分析

attachments-2021-09-oTwQD0Yv6155680c526ac.png结果:

attachments-2021-09-vrCyJyzQ6155684f89080.png

Survival 模块探索临床结果 与免疫浸润或基因表达丰度之间的关联 

attachments-2021-09-0XpZdT4W615568bfcd91d.png

Mutation 模块探索突变基因 与免疫浸润丰度之间的相关性 

SCNA 模块探索基因拷贝变异数与免疫浸润丰度之间相关性 

attachments-2021-09-zhPhoqCz61556886af070.png

Diff Exp 模块探索 肿瘤与正常组织之间的差异基因表达

Correlation 模块探索 基因之间的相关性 ;

Estimation 模块通过 TIMER 算法运行用户的私有样本。







  • 发表于 2021-09-30 15:36
  • 阅读 ( 1509 )
  • 分类:软件工具

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
你想桃子吗
你想桃子吗

21 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 654 文章
  2. 安生水 325 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. rzx 67 文章
  8. xun 66 文章