在线工具TIMER的使用

在线工具TIMER功能及使用

TIMER(链接:https://cistrome.shinyapps.io/timer/)是用于肿瘤浸润性免疫细胞综合分析的在线工具,通过TIMER算法估计六种免疫浸润细胞(B细胞,CD4+T细胞,CD8+T细胞,中性粒细胞,巨噬细胞和树突状细胞)的丰度,其中:

Gene 模块探索基因表达 与免疫浸润丰度之间的相关性 

选择癌症类型,免疫细胞类型,输入基因symbol之后就可以进行分析

attachments-2021-09-oTwQD0Yv6155680c526ac.png结果:

attachments-2021-09-vrCyJyzQ6155684f89080.png

Survival 模块探索临床结果 与免疫浸润或基因表达丰度之间的关联 

attachments-2021-09-0XpZdT4W615568bfcd91d.png

Mutation 模块探索突变基因 与免疫浸润丰度之间的相关性 

SCNA 模块探索基因拷贝变异数与免疫浸润丰度之间相关性 

attachments-2021-09-zhPhoqCz61556886af070.png

Diff Exp 模块探索 肿瘤与正常组织之间的差异基因表达

Correlation 模块探索 基因之间的相关性 ;

Estimation 模块通过 TIMER 算法运行用户的私有样本。







  • 发表于 2021-09-30 15:36
  • 阅读 ( 49 )
  • 分类:软件工具

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