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文章 课题组如何降低测序成本,加快成果产出

...还不明数据利方法的老师来说,如何解读数据,理解其的生物学意义?如何将分析结果与研究目的相联系并撰写成文章?? 其实这些问题都可以通过学习生物信息学,培养实验室数据分析师来解决! 学习生物信息学,能...

文章 enrichGSEA_pip.r GSEA富集分析

使说明: $Rscript $scriptdir/enrichGSEA_pip.r -husage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGSEA_pip.r [-h] -a all.deg.file -g                                                   gmtfile [-p pvalueCutoff]                                             ...

文章 3分钟学会画venn图(维恩图、韦恩图)

venn图是转录组结果的重要展示部分,能够找出各比较组之间共有和特有的基因,是最常的转录组分析手段之一。但往往测序公司只给了几个固定组合的venn图,后期让公司补图,要加钱不说,两天给一副图的速度更是要命。 ...

文章 论文投稿之路:SCI期刊选得好,毕业没烦恼!

...法和整体逻辑,因此这要求文章更具逻辑性。 以下是常的十大综合期刊,大家可以参考: 三、确定期刊 确定完要投的期刊之后,你还应该注意期刊的一审周期和年文章量, 一审周期指的是大概的审查速度;年度文章量是...

文章 python数据可视化-matplotlib之inshow

...00, 100)), cmap=plt.cm.BuPu_r) # 生成100行,100列的,浮点数从0-1随机。 # 参考链接https://www.cnblogs.com/DOMLX/p/9751471.html # camp(colormap)就不细讲了,可以看https://blog.csdn.net/lanchunhui/article/details/66972783 plt.subplot(212) #绘制一个两行一列的图,并...

文章 微生物多样性16S计算物种累计曲线

...种累计曲线 vegan 包是进行群落数据分析最常的R包,其的 specaccum 函数来计算物种的累计曲线。输入数据,otutable:列表示不同的物种,行表示不同的采样点,间的数字代表物种丰度:示例代码:require(vegan) otu <- read.tabl...

文章 TCGA数据库挖掘-肾细胞癌相关biomiarker筛选案例解析

...ogic_stage、survival_status等相关性更明显(见下图B)。 其Brown模块内GS与MM分析结果显示,该模块内的基因与pathologic_stage显著相关(见下图),并基于MM高于0.8,GS高于0.2 筛选出了39个基因进行后期分析。 3.重要模块基因功能富...

文章 linux下查看磁盘及文件大小命令du,df

...,让 root 在档案系统满时,还是可以写东西到该档案系统,以进行管理。 du可以查看文件及文件夹的大小。 du:查询文件或文件夹的磁盘使空间     如果当前目录下文件和文件夹很多,使不带参数du的命令,可以循环...

文章 GOChord_plot.r GOplot包绘制GO弦图

...] 参数说明: -g 输入GO富集分析结果文件,文件的列必须含有"category"(BP/CC/MF)、''ID"(GO ID)、"term"(功能描述)、"adj_pval"(校正后的p值)和"genes"(每个GO term含有的gene ID): categoryIDtermGeneRatioBgRatiopvalueadj_pvalqvaluegenesCountBPGO:0006979...

问题 老师好,在基因家族分析circos制图时,老师的文件是拟南芥的5条染色体,我的物种有9条染色体,请问这个文件需要怎么修改?

...s最后一步绘图的config2.txt文件,我的染色体是C01开头。图我已经把拟南芥的1.2.3.4.5改为C01.C02.C03.C04.C05(括号内)。还需要重新添加C06-C09吗?不添加的话,最后结果文件6-9号染色体都是灰色的,并且没找到我的目标基因id。如...

文章 perl数学函数

...数名 abs 调语法retval=abs(value); 解说绝对值函数。(Perl4没有) Perl数学函数名 rand 调语法retval=rand(num); 解说随机数函数,返回0和整数num之间的一个浮点数。 Perl数学函数名 srand 调语法srand(value); 解说初始化随机数生成...

文章 组学大讲堂周年庆特大优惠---VIP最高返礼6800元!!

组学研究,数据看不懂、新人难上手、外包成本高,是不是让你头疼不已?别慌,组学大讲堂超级 VIP 来拯救你,助你一键破局! 点此处直达VIP详情页:VIP详情页 点此处联系客服了解详情:客服 省钱小能手,性价比爆棚...

问题 请问win11家庭版上刚开始基于hyper-v安装了docker,后来调整docker设置变成基于WSL2安装docker,然后请问这样可行吗?怎么使

...于WSL2安装docker,于是接着在docker桌面版上修改参数,选WSL,然后选ubantu.那这个后续怎么使docker啊?是在cmd使,还是在ubantu使?这个在ubantu上是这个样子,在我原来的的主目录下面,请问该怎么使docker。docker的文...

问题 iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

...应的字母,也含有"."这个字符。另外就是第一列的物种名含有“F”、“L”、“P”这三个IUPAC amino acid code里的字符。 出现识别为蛋白序列的报错是什么原因呢?是"."这个字符的原因还是物种名的“F”、“L”、“P”这三个...

文章 FigTree进化树批量修改ID

...ile导入 import Annotations 4、完成导入后,在左侧 Tip Labels栏将怎加一列信息,例如此处的NewName(即前期文件对应新ID列的内容) 5、将Tip Labels 显示(Display)选择成你设定的新ID,例如此处选NewName,进化树上叶处的ID将发生改变...