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问题 扩增子分析：qiime 聚类生成OTU-denovo方法分析报错

利用老师课程中讲的方法一pick_de_novo_otus.py进行的，但运行过程的日志文件中出现assign_taxonomy过程的报错。 [root@f0190be56047  21:19:38 /work/my_16s/5.pick_otu_qiime]# pick_de_novo_otus.py -i qiime.fasta -f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo...

文章 从月球回来的水稻种子怎么样了？

...”后，返回华南农业大学国家植物航天育种工程技术研究中心进行种植。目前约1500株稻种成功育苗，长势喜人，有望3月底离开温室，栽入田间。 这批稻种可谓名副其实的“航二代”，其父母均为航天育种成果，分别名为“华...

文章 饼图中添加文字的位置控制-ggplot2（非公式）

...https://www.omicsclass.com/article/369  pie图讲解主要是针对图片中文字的添加位置公式进行了解释，这里结合堆叠柱状图内容 介绍不利用公式，而利用geom_bar(position)geom_text（postion)控制饼图文字的添加过程； 譬如： ###数据 type=c("A","B...

问题 Admixture算STRUCTURE，出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事，算了好几组数据都这样

...结果的CV值都随着K增大而递增，用的是群体遗传进化课程中docker的代码，如下： workdir=/work #设置工作路径 refdir=$workdir/ref datadir=$workdir/data scriptdir=$workdir/scripts export PATH=$scriptdir:$PATH GROUP=$datadir/yuan.txt #LD过滤 plink --vcf  ...

文章 melt函数对数据进行整合

...整合，比较常见的就是利用ggplot2包进行图片绘制的过程中往往需要对数据进行整合，melt()的使用方法如下：加载R包以及案例数据 library('reshape2') dat  type  sample1  sample2  sample1  sample21    A 6.332968 5.367671 5.171107 5.5337542...

文章 多序列比对-蛋白序列保守结构域比对图绘制 genedoc

...对话框： 4.1  编辑字号大小,显示长度 选择configure 中的project选项卡,进行显示样式设置: 4.2  编辑不同相似氨基酸颜色: 选择configure 中的shade选项卡,进行彩色设置: 怎么样？这样看起来就漂亮多了吧！自己赶快来试试...

文章 单细胞转录组测序简介

...ops是基于微流控产生的油包水的方法来隔离细胞，并且是用带barcode序列的引物微珠来标识细胞的，是高通量的方法；Seq-Well采用微孔芯片来隔离细胞，再用微珠来标识细胞，属于高通量方法。 10x Chromium原理 目前应用最多...

文章 如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol

在R中如何利用ENSEMBL ID获得Gene ID(ENTREZID), 又或者转换为Gene Symbol，以人为例： 预先安装AnnotationDbi 和 org.Hs.eg.db 加载org.Hs.eg.db > library(org.Hs.eg.db) 获取所有的ENSEMBL ID，并查看前五个ID > k=keys(org.Hs.eg.db,keytype = "ENSEMBL")> head(k...

文章 2019年国自然基金热点方向——CRISPR/Cas9技术

...末，学霸姐姐就已经小小的预测过2019国自然新风向， 其中包括肠道菌群、外泌体、单细胞测序等大热的方向， 另外还有一个就是——CRISPR/Cas9技术，学霸姐姐一直是非常看好的， 4月29日，国自然基金的初审结果已经公布了，...

文章 组学大讲堂携手网易，所有线上课程折上折

...场的生存需要的是能力，没有过人的能力，就很难在职场中快速的成长。再者，目前大环境不好，许多公司的招聘力度都降低了不少，如果你想找一份合适的、称心的工作，那么就要提高自己。就生物类公司而言，做分析的薪资...

文章 堆叠柱状图-ggplot2

绘制堆叠柱状图，重点重点在于geom_bar中postion="stack"， 数据参考：https://www.omicsclass.com/article/92 dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  564     D sample1  995     E sample1  156    ...

文章 这本SCI期刊的录用率高达100%！！真相是......

...的因素太多太多了，所属学科、历年影响影子、H指数、中科院分区、审稿周期、出版周期、年发文量等等都得考虑，相信每一个科研汪都曾被这些指数所困扰，但是还有一个非常重要的指数必须要看，那就是——平均录用比例...

文章 100+篇2019基因家族分析SCI（1-3月发表）文献免费领取（文末领取）

...3个月就已经发表了几百篇类似的文章了，小编整理了其中100+篇成EXCEL，并逐一下载原文献压缩成包，供大家参阅；此EXCEL包含信息如下：文献题目、期刊名称、影响因子、第一作者姓名、通讯作者姓名、发表时间、全文下载链接...

文章 Pheatmap绘制多分组热图

...图格子的边框色display_numbers = TRUE：设定在每个热图格子中显示相应的数值，number_color：设置数值字体的颜色cellwidth和cellheight：设定每个热图格子的宽度和高度main：添加主标题fontsize_row 和fontsize_row：设置行名列名文字大小注意...

文章 生物专业由冷转热？你还敢选生物专业吗？

20世纪末，中学校园里一直流传着这样的“预言”：“21世纪是生物的世纪”。 在这个“预言”的感召下，很多人毫不犹豫地选择了各大高校的生物专业， 当年大学的生物专业分数线硬是“高人一等”哦~ 而在以后的十几年...