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本地blast怎么运用 已知一个基因或蛋白，怎么看自己研究的植物中是否存在该基因和蛋白的同源基因或蛋白
...e.tar.gz，后面我去掉 -z 参数，依然报该错误，而且服务器中是已经安装了 gzip 包的，请问老师该如何解决？
GenePred格式主要用于基因浏览器中基因预测的track。 如果有可变剪切的情况，那表格的每一行就是一个 transcript 的全部信息。 格式如下： #gpd AT1G01010.1 Chr1 + 3630 5899 3759 5630 6 3630,3995,4485,4705,5173,5438, 3913,4276,460...
...的流行，为广大科研人员所喜爱。但DAVID却在大家的溺爱中，沉睡了6年，从2010年6.7版本发布之后，6年没有更新，直到2016年采更新到了6.8 版本。6年的时间，高通量测序技术迅速的发展，生物信息爆炸，基因的功能注释更加的全...
...DEPs注释到了KEGG代谢通路上。同时，作者对每个差异组合中上调和下调DEPs在KEGG代谢通路上的注释情况进行了统计。 06/研究结果之致病因子及核糖体蛋白的表达模式分析 为了研究弓形虫整个生命周期中致病因子的表达模式...
打开GeneDoc软件，输入序列之后，序列顺序是输入文件中序列的顺序。如图： 这种情况下想使序列按照ID进行排序的话，应选择菜单栏中“Sequence List”选项，如图【S】： 在弹出界面选择<Sort Name>可以对基因序列进行排序。 ...
...更新比较及时，因此是目前rRNA基因高通量测序后最常选用的参考数据库之一。此外，SILVA也可被用于平时菌种鉴定时，对少量rRNA基因测序后的物种进行分类鉴定，此时主要用其SINA Alignment Service功能（https://www.arb-silva.de/aligner/）...
...服务器前需要为FileZilla指明本机私钥位置。 在FileZilla中，导航栏FileZilla->Settings->Connection->SFTP->Add key file，会调用操作系统的Finder，一般来说SSH的公钥私钥在"~/.ssh"目录下。但是调用操作系统的Finder没有直接访问“~”...
在使用GATK 进行SNP calling前，我们通常需要使用picard中的ReorderSam功能对原始sam文件中的染色体进行重新排序： java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -jar picard.jar ReorderSam -I bam -O bam -SD dict 下面是两种常见的报错和解决办法: 1.bam has invalid ...
EndHiC软件中matrix2heatmap.py脚本可以绘制HIC热图。 其使用的输入文件为Hic-pro生成的输出文件：AthaHiC_100000_abs.bed 和 AthaHiC_100000.matrix bed格式如下： chr1_1 0 100000 1chr1_1 100000 200000 2chr1_1 200000 300000 3chr1_1 300000 40...
有时候我们需要得到序列的反向互补序列，可以用下面的脚本来批量处理序列。 用法： perl fasta_Reverse_complementary.pl -fa input.fa -out out.fa input.fa是输入文件，out.fa是反向互补后的序列 输入文件格式入下所示： >bta-26a-2GGCUG...
...miRNA-circRNA的互作关系查找通过miRNAWalk工具，在12个数据库中筛选miRNA与差异表达的mRNA互作关系。miRNA-circRNA的互作关系使用Starbase数据库查找： mRNA-miRNA-circRNA调控网络图展示: 5. 发现于AMD相关的ceRNA通过分析网络中的hub基因，找...
在我们的《TCGA-生存分析》课程中，我们提供了临床数据的下载方法。有学员反馈，有些癌症有多次临床数据，随访时间还不一样。我细致的看了一下出现这种情况的原因： 1. 随访曾中断过: 存在多次随访 2. 出现了新的癌症：...
...提供给用户的一个软件包，以集成的方式从InterPro数据库中进行结果检索。InterProScan可以检索的数据库如下： InterProScan的一般使用方法： sh interproscan.sh -i pep.fa -f TSV -o out-i：待检索的蛋白质序列文件，fasta格式 -f：输出文件的...