GenePred格式

GenePred格式

GenePred格式主要用于基因浏览器中基因预测的track。 如果有可变剪切的情况,那表格的每一行就是一个 transcript 的全部信息。

格式如下:

#gpd
AT1G01010.1    Chr1    +    3630    5899    3759    5630    6    3630,3995,4485,4705,5173,5438,    3913,4276,4605,5095,5326,5899



Gene Predictions

table genePred
"A gene prediction."
(
string name:				"Name of gene" //基因名称
string chrom:				"Chromosome name" //染色体名称
char[1] strand:				"+ or - for strand" //正负链信息
uint txStart:				"Transcription start position" //转录起始位点
uint txEnd:					"Transcription end position" //转录终止位点
uint cdsStart:				"Coding region start" //编码区起始位点
uint cdsEnd:				"Coding region end" //编码区终止位点
uint exonCount:				"Number of exons" //外显子数量
uint[exonCount] exonStarts:	"Exon start positions" //外显子起始位点
uint[exonCount] exonEnds:	"Exon end positions" //外显子终止位点
)



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安生水
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