silva做菌种鉴定

简介：

SILVA一词起源于拉丁文silva（意为forest），它是一个包含三域微生物（细菌、古菌、真核）rRNA基因序列的综合数据库，其数据库涵盖了原核和真核微生物的小亚基rRNA基因序列（简称SSU，即16S和18SrRNA）和大亚基rRNA基因序列（简称LSU，即23S和28SrRNA）。目前其最新数据库版本为SILVA SSU andLSU databases 128，更新时间为2016年9月29日，最新版本数据库包含的数据信息见下表1所示。

表1 SILVA SSU andLSU databases 128数据库基本参数信息

	SSU参考序列	SSU非冗余参考序列	LSU总序列	LSU参考序列
版本	128	128	128	128
总序列	1,922,213	645,151	735,238	154,297
细菌	1,719,541	552,377	176,194	130,965
古菌	64,390	24,315	1528	1271
真核	140,020	68,996	557,769	22,105
可培养	36,747	36,747	24,664	8232
模式株	22,334	22,334	5809	4675

因为SILVA数据库更新比较及时，因此是目前rRNA基因高通量测序后最常选用的参考数据库之一。此外，SILVA也可被用于平时菌种鉴定时，对少量rRNA基因测序后的物种进行分类鉴定，此时主要用其SINA Alignment Service功能（https://www.arb-silva.de/aligner/），可非常方便地确定某条rRNA基因序列从门到属/种水平的分类信息并给出各分类水平相应的置信度。

主页：

https://www.arb-silva.de/

菌种鉴定方法:

1.选择序列搜索。