老师，您好！单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后（Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \ -p FindAllMarkers --test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25 ）报错，想请...
...前人的工作（比如说需要摸索一段时间在自己电脑上配置软件，或者可能没有师兄的前期实验数据很难开展后续的工作等等）。因此，导师买了台群晖NAS专门用于数据存储。接下来教大家如何配置使用NAS。 共享存储设置： 使...
...，都会使几天的努力功亏于溃，毁于一旦。 那么，整个细胞凋亡实验过程需要注意些什么问题?有哪些不能忽略的实验小细节呢?今天，我们一起来学习学习。 Annexin V-FITC/PI双染法基本原理 在正常细胞中，磷脂酰丝氨酸(PS)位...
#不同类型细胞差异比较： Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \ -p FindMarkers --ident.1 "CD4 Naive T" --ident.2 "B" --test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25 这里只能进行两两分析吗？--ident.2后面...
cellphoneDB是目前使用较为广泛的细胞通讯分析软件，包含配体、受体及其相互作用的数据库，可以对细胞间的通讯分子进行全面、系统的分析，以及研究不同细胞类型之间的相互交流及通讯网络。 数据库链接：https://www.cellphonedb...
... Win10 专业版系统的安装包，需要开启Hyper-V。在主板BIOS中打开一下CPU的虚拟化功能：https://www.omicsclass.com/article/367 1.开启 Hyper-V 点开程序和功能，右边最下面 启用或关闭Windows功能 选中Hyper-V 2、Docker for Windows的安装 最...
当我们打开虚拟机，有时候去设置新的挂载目录的时候，会碰到这种报错； 重新启动虚拟机是这样： 解决办法是： 再次打开直接选第一个回车就好； 如果还错误的话： 启动虚拟电脑之前把要共享的目录设置好...
...文件的命令,说明gz结尾的压缩文件 --outSAMtype：输出文件格式（默认输出排序的BAM文件） --twopassMode：(None/Basic）为了发现更加灵敏的new junction，建议使用2-pass mode，其能增加检测到的new junction数目，使得更多的splices reads能mapping...
执行此代码：Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \ -p FindMarkers.deg.B --group.by "stim" --ident.1 "stim" --ident.2 "ctrl" --subset.ident "B" \ --test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25 后报错：Error...
...选中界面下方Save Graph即可，之后在跳转窗口中选中保存格式即可。 其他 TBtools在结合基因结构和motif可视化方面操作非常简单，图片也相当漂亮。不过显示图片的图例顺序调整和文字调整方面还有一些困难，这些操作可能需要...