单细胞测序数据分析#相同细胞不同处理之间差异B细胞差异时报错

执行此代码：Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \

-p FindMarkers.deg.B --group.by "stim" --ident.1 "stim" --ident.2 "ctrl" --subset.ident "B" \

--test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25

后报错：Error in DESeq2DETest(data.use = data.use, cells.1 = cells.1, cells.2 = cells.2, :

Please install DESeq2 - learn more at https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html

Calls: FindMarkers ... FindMarkers -> FindMarkers.default -> PerformDE -> DESeq2DETest

Execution halted

想问下老师，问题出在哪里？应该怎么解决？

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2024-06-08 16:04

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

差异条件太严格，没找到结果；看看这个换个检验方法，比如 wilcox 并降低阈值试试

看看这个问题：https://www.omicsclass.com/question/6550/answer/5968