单细胞测序数据分析#相同细胞不同处理之间差异B细胞差异时报错

执行此代码:Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds  $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \

 -p FindMarkers.deg.B  --group.by   "stim"   --ident.1 "stim"  --ident.2 "ctrl"    --subset.ident "B" \

 --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 

后报错:Error in DESeq2DETest(data.use = data.use, cells.1 = cells.1, cells.2 = cells.2,  : 
  Please install DESeq2 - learn more at https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html
Calls: FindMarkers ... FindMarkers -> FindMarkers.default -> PerformDE -> DESeq2DETest
Execution halted
想问下老师,问题出在哪里?应该怎么解决?
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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

差异条件太严格,没找到结果;看看这个换个检验方法,比如 wilcox 并降低阈值试试

看看这个问题:https://www.omicsclass.com/question/6550/answer/5968

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  •  提出于 6天前

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