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问题 老师，我分析的物种是6倍体，参数需要变动嘛？

gatk --java-options '-Xmx40g' HaplotypeCaller -R $REF    --max-alternate-alleles 4  --sample-ploidy 2 -O  all.raw.vcf.gz    -I 1.sorted.dedup.bam  -I 2.sorted.dedup.bam  --tmp-dir tmp

问题 泛基因家族分析，系统发育树构建

老师，您好，我正在做泛基因家族分析，系统发育树构建，目前我的家族基因有一千二，和拟南芥一起构树，拟南芥家族基因三十多个，现在存在问题是：1.私有基因很多，一千多，需要都用来构树吗？2.构树后，该怎么给每个...

文章 热门方向：AnnexinV/PI联合检测细胞凋亡

...，常用的方法包括细胞的形态学观察，磷脂酰丝氨酸外翻分析，检测线粒体膜势能，检测片段化的DNA所采用的Tunel法，Caspase活性检测，凋亡相关蛋白的检测等。 　　今天，我们讨论的方法是——磷脂酰丝氨酸外翻分析，也就是...

问题 泛基因家族分析数据准备

老师您好，我下载的泛基因组数据都是gff文件，而我看直播课都是gff3文件，请问我是不是将ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./中的gff3改成gff即可啊。包括agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3.gz -o ./${ind}.longest_isoform.gff3  改为 agat_sp_keep_l...

文章 R语言基础入门—数组

...： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结...

问题 TCGA生存分析cut off值疑问

TCGA COX教程里的cut off值是2500， 请问老师 1、这个值是怎么计算出来的？ 2、文献里一般都用risk score中位值作为cut off进行高低风险分组，然后再通过ROC曲线确定最佳cut off再进行高低风险分组。教程里的这个cut off是否恰当？为...

问题 wgcna 模块分析完，在 负相关模块中选择的关键基因，在肿瘤组织中表达反而更高？我该如何理解？谢谢~

wgcna 模块分析完，在 负相关模块中选择的关键基因，在肿瘤组织中表达反而更高？我该如何理解？

问题 RNAseq有参转录组分析差异表达分析免疫亚型之间差异表达这一环节出现以下问题

#, S1 为免疫侵润高组 DESeq2Rscript $scriptdir/deseq_analysis1.r  -i $workdir/4.expression/all_gene_count.tsv \   --fdr 0.01 --fc 2   -m normal_vs_tumor.compare.txt -t group\   --case tumor --control  normal -p normal_vs_tumor.deseq#免疫亚型之间差异表达, S1 为免疫侵润高...

问题 问一下老师 做基因家族分析 用新生成的hmm文件做hmmsearch 报 TC bit thresholds unavailable的错

问一下老师 做基因家族分析 用新生成的hmm文件做hmmsearch 报 TC bit thresholds unavailable的错

问题 单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后报错

老师，您好！单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后（Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 ）报错，想请...

问题 单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后报错

老师，您好！单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后（Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 ）报错，想请...

问题 做WGCNA分析，性状数据可以同时有数量数据和分类数据吗？

trait文件的准备，比如可以使用0、1的分类数据来分类发育时期，同时使用关注单个基因的表达量来作为数量数据吗？ 两种数据类型是否可以出现在同一trait文件中？

问题 安捷伦Agilent双通道文件，如何做差异分析？是否直接用红荧光的数据就可以跟单通道文件一样处理吗

...况，即负值代表下调，正值代表上调。而似乎做差异表达分析的数据不该出现负值。因此，通过对raw文件的处理，得到了红绿荧光的表达量，那么是否可以直接用红荧光的数据来做差异表达及其他分析呢？还是用M值做呢

问题 在做GWAS关联分析，利用gapit软件报错

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection Calls: source -> file In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open file '/biosoft/GAPIT3.0/gapit_functions.txt': No such file or directory Execution halted

文章 转录组差异基因为什么要进行聚类分析？

       聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式，将表达模式相同或相近的基因聚集成类，进而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能，这些同类基因可能具有相似的功能，共同参与同一代谢过程或存在...