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文章 基因家族分析linux软件安装列表

以下软件请安装linux版本,安装方法可看软件安装说明,: hmmsearch:  http://hmmer.org/ perl: https://www.perl.org/get.html  记得安装bioperl包 blast :https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download mcscanX:http:/...

文章 蛋白信号肽预测—SignalP使用详解

...结构的亚细胞器内。今天我给大家介绍一款鉴定信号肽的在线软件,简单易用。 SignaIP简介 SignaIP是目前应用最广泛信号肽在线预测软件,目前SignaIP目前已经更新到5.0版本过小编太喜欢最新版本的结果展示形式,仍在使...

问题 docker怎么设置镜像以及内存,最后一张图是基因家族分析课程里面介绍的,但是docker v24.0.5版本中docker engine的界面完全一样;然后请问memory内存如何能扩大呢

文章 如何预测蛋白质保守结构域?-InterPro在线工具使用详解

...!今天我们再给大家介绍一款非常好用的保守结构域预测在线工具,非常适合零基础学员操作,下面我们一起来揭开它的神秘面纱-InterPro。 InterPro简介 InterPro是集成的蛋白质结构域和功能位点数据库,包含关于蛋白质家族、域...

文章 blast比对软件使用

...位置相似的情况(黄色线条部分)。 此外: blast还有在线版:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 使用参考:https://www.omicsclass.com/article/1192 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视,有兴趣可以了解一下: 1. 文章越来越难...

文章 在线绘制聚类热图(heatmapper)

...文章中常见的一种分析内容。今天小编就给大家讲解一个在线绘制聚类热图的方法。 我们使用的在线工具网址: http://www.heatmapper.ca/expression/ 打开后的页面是如下所示: 该在线工具有几个优点: 1、支持同的颜色配置; ...

文章 搭建生信编程环境eclipse+perl+python+R(java环境)

...报错; §建议用我们这个版本的eclipse,里面安装了很多插件(perl,python,R,shell等)免去自己安装插件的麻烦,如果是技术牛人也可自行安装所有最新版本的java,eclipse,activeperl等,这些都是开源软件 百度搜索一下可到官方...

文章 Perl——正则表达式之贪婪模式和非贪婪模式

使用perl进行正则表达式匹配时,常用两种匹配模式,一种是贪婪匹配,一种是非贪婪匹配。 贪婪匹配(greedy match):尽可能匹配最长的内容。默认匹配为贪婪匹配。 非贪婪匹配:尽可能少地匹配,也叫做懒惰匹配lazy match。在...

文章 awk匹配替换gsub

awk中gsub可以进行匹配替换: gsub(A,B)在$0中利用B替换A gsub(A,B,C)在指定的C中用B替换A 以数据test为例(TAB分隔): ABCD    abcd    HJIKEL  AbDE    SGWA 全部替换 A字符换成DA字符 awk -F "\t" '{gsub("A","DA");print $0}' test 结果...

文章 常用软件在线使用

UZER.ME:该网站可以直接在线使用 Word、PPT、PS、AI、SPSS、CAD 等软件,省去了在自己电脑上安装软件的麻烦! 网站地址:https://uzer.me/ 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视,有兴趣可以了解一下: 1. 文章越来越难发...

文章 Clustal Omega多序列比对使用方法(命令行及在线网站)

...; 最新版本叫做Clustal Omega, 提供了命令行版,还可以通过在线服务网址进行可视化操作。 Clustal Omega是欧洲生物信息研究所(EBI)开发的多序列比对排列工具,现已经完全取代了之前ClustalW的地位。最新本的Clustal omega比对准确...

文章 lightPDF——在线PDF工具箱

lightPDF是一款非常好用的免费在线PDF编辑网站,无需注册,PDF与其他格式之间任意互转,还自带很多PDF小工具,如ocr识别、PDF加密。 网站地址:https://lightpdf.com/zh/ 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视,有兴趣可以...

文章 在线进化树美化网站-iTQL

...之外:两分钟做一张让人羡慕的系统进化树图!也有在线工具可以实现这项工作,譬如iTQL:http://itol.embl.de/ 进入网站主页之后,选择Upload进入数据上传页面,提交MEGA构建进化树的结果文件nwk. 导入文件nwk,或者直接粘贴n...

文章 miRWalk: 一个预测人类miRNA靶基因的网站

...主要是依赖于miRNA 5‘的 2-8位seed区域。目前虽然有很多的在线网站支持动物miRNA靶基因的预测,但是大部分网站都很少更新,数据比较陈旧,今天就讲一个一直在更新的miRNA靶基因预测网站miRWalk。 1. miRWalk 简介 miRWalk是比较早的...

文章 awk匹配字符串

...3685383 3686653 awk '$1 ~ /A/ {print }' ./data/WRKY.link.txt  ~ 代表匹配, /A/  这里可以使用正则表达式,可以处理更复杂的匹配。 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视,有兴趣可以了解一下: 1. 文章越来越难发?是你没发现...